Toàn tỉnh Nghệ An có 480 ĐVHC cấp xã, trong đó có 17 ĐVHC (gồm 14 xã và 3 thị trấn thuộc 10 huyện) đạt dưới 50% cả 2 tiêu chuẩn về diện tích tự nhiên, quy mô dân số theo quy định buộc phải sắp xếp, sáp nhập trong giai đoạn 2019-2021. Trong số đó thị trấn Mường Xén (Kỳ Sơn) cả 2 tiêu chuẩn dân số và diện tích tự nhiên đều dưới tiêu chuẩn theo quy định. Theo đó, diện tích tự nhiên của thị trấn biên giới này là 1,9 km2/14 km2 chỉ đạt 13,72%; dân số 2.800/8.000 người, tương đương 35% tiêu chuẩn.
Nếu căn cứ vào quy định, thị trấn Mường Xén thuộc diện phải sáp nhập, điều chỉnh mở rộng để đảm bảo các tiêu chuẩn về diện tích và quy mô dân số. Tuy nhiên, tại phiên họp thường kỳ tháng 6 của Ban Thường vụ Tỉnh ủy Nghệ An với sự tham dự của đại diện Ban Tổ chức Trung ương, UBND tỉnh Nghệ An đã đề nghị không tiến hành sắp xếp, sáp nhập thị trấn Mường Xén.
Lý do được xác định: Đây là thị trấn vùng biên giữ vai trò quan trọng trong công tác quốc phòng, an ninh của địa phương và tỉnh. Huyện lỵ Kỳ Sơn còn mang tính chất đặc thù cả về địa hình, dân tộc và là địa bàn khó khăn nhất của tỉnh Nghệ An.
Nếu phương án mà UBND tỉnh đề xuất được Ban Tổ chức Trung ương chấp thuận thì Nghệ An sẽ tiến hành sáp nhập 36 ĐVHC cấp xã (gồm 16 đơn vị bắt buộc, 2 đơn vị khuyến khích sáp nhập, 18 xã liền kề ). Và theo tính toán, sau khi sáp nhập, từ 480 đơn vị cấp xã Nghệ An sẽ giảm còn 460 đơn vị.
Nghệ An hiện có 21 đơn vị hành chính cấp huyện, gồm 17 huyện, 1 thành phố và 3 thị xã và không có ĐVHC cấp huyện nào dưới 50% cả 2 tiêu chí, vì vậy chưa phải thực hiện phương án sắp xếp, sáp nhập trong giai đoạn 1 từ năm 2019-2021.