Với trình độ hiểu biết sâu rộng, tư duy biện chứng và khoa học, sự mẫn cảm đặc biệt về chính trị, nhuần nhuyễn trong gắn liền lý luận với thực tiễn, đồng chí Nguyễn Chí Thanh đã nắm vững và vận dụng sáng tạo Chủ nghĩa Mác-Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh trong thực tiễn chiến tranh cách mạng và xây dựng lực lượng vũ trang. Trên cương vị nhiệm vụ mới, Chủ nhiệm Tổng cục Chính trị Quân đội nhân dân Việt Nam, Phó Bí thư Tổng Quân ủy, quan điểm xuyên suốt của Đại tướng Nguyễn Chí Thanh là củng cố và tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với Quân đội. Đồng chí khẳng định: “Đảng là linh hồn, là đội tiên phong của Quân đội, Đảng mạnh thì mọi việc đều thành, Đảng yếu thì mọi việc đều không bảo đảm” và “Sự lãnh đạo của Đảng là sinh mệnh của Quân đội nhân dân”. Đảng lãnh đạo trực tiếp, tuyệt đối quân đội thể hiện thấm nhuần nguyên lý cơ bản của chủ nghĩa Mác-Lênin và tư tưởng Hồ Chí Minh về chiến tranh và quân đội kiểu mới của giai cấp vô sản. Quân đội phải đặt dưới sự lãnh đạo của Đảng. Đó là nguyên tắc bất di bất dịch.
Trong xây dựng Đảng, Đại tướng Nguyễn Chí Thanh luôn quán triệt và nắm vững nguyên tắc tập trung dân chủ, Đảng lãnh đạo tập thể, đồng thời luôn gắn bó với quần chúng, lắng nghe ý kiến của cán bộ, chiến sĩ; phát huy dân chủ nội bộ. Đồng chí xác định trong bất kỳ hoàn cảnh nào cũng phải “lấy dân chủ tập trung làm chế độ, lấy lãnh đạo tập thể làm nguyên tắc cao nhất của sự lãnh đạo của Đảng”; đồng thời khẳng định:“Thực tế đã chứng minh, nhờ thi hành nghiêm chỉnh nguyên tắc đó, nên chúng ta đã đoàn kết nội bộ Đảng và trên cơ sở đó đoàn kết được quân đội, chúng ta đã phát huy được trí tuệ của đảng viên và quần chúng, giảm bớt sự chủ quan, phiến diện trong lãnh đạo, tránh và ngăn chặn được tệ nạn phát triển uy quyền cá nhân, độc đoán, vô chính phủ”. Đặc điểm của nguyên tắc tập trung dân chủ của Đảng là ở chỗ phát huy tinh thần tích cực và chủ động của mỗi người, mỗi tổ chức và từng đảng viên đối với sự nghiệp cách mạng của Đảng; làm cho đường lối của Đảng được thực thi trong cuộc sống.
Đại tướng Nguyễn Chí Thanh luôn lấy việc xây dựng quân đội về chính trị và tư tưởng là nội dung công tác quyết định, quan trọng nhất. Bởi, việc lãnh đạo tư tưởng làm cho cán bộ, chiến sĩ có lập trường quan điểm, mục tiêu lý tưởng cách mạng đúng đắn, đây là cơ sở quan trọng để thống nhất tư tưởng và hành động thực hiện thắng lợi đường lối của Đảng.
Từ sự chỉ đạo thực tế tại chiến trường và sự phân tích tinh tế những hạn chế, yếu kém và chỉ ra nguyên nhân trong công tác tư tưởng của các đơn vị, đồng chí đã có những chỉ đạo sáng suốt, kịp thời để nâng cao hiệu quả công tác tư tưởng trong quân đội. Đồng chí khẳng định công tác tư tưởng phải đi sâu vào việc bồi dưỡng nhận thức, ý chí, tình cảm, hình thành ý thức giác ngộ cách mạng và bản lĩnh chính trị sâu sắc cho cán bộ, chiến sĩ; trang bị cho cán bộ, chiến sĩ thế giới quan, nhân sinh quan, phương pháp luận khoa học để hành động đạt hiệu quả cao nhất. Theo Đại tướng Nguyễn Chí Thanh: Vấn đề cốt lõi của việc xây dựng quân đội ta về chính trị là xây dựng bản chất giai cấp công nhân của quân đội. Quân đội ta do Đảng Cộng sản thành lập, lãnh đạo, giáo dục, rèn luyện, cho nên bản chất giai cấp công nhân của quân đội là sự quán triệt bản chất giai cấp công nhân của Đảng; là sự quán triệt chính trị, tư tưởng và tổ chức của Đảng Cộng sản trong Quân đội, phù hợp với các đặc điểm, chức năng tổ chức của một tổ chức quân sự.
Đại tướng Nguyễn Chí Thanh nêu rõ: Tinh thần chiến đấu của bất cứ một quân đội nào cũng bắt nguồn từ sự giác ngộ chính trị của mỗi cán bộ, chiến sĩ trong quân đội đó. Đại tướng Nguyễn Chí Thanh là người đã đưa CTĐ -CTCT vào trong Quân đội, trở thành một bộ phận rất quan trọng trong hoạt động lãnh đạo của Đảng ta đối với quân đội. Từ thực tiễn cách mạng trong chỉ đạo thực hiện nhiệm vụ, Đại tướng Nguyễn Chí Thanh đã nêu lên những vấn đề có tính nguyên tắc trong lãnh đạo công tác tư tưởng, đó là: lãnh đạo tư tưởng cần có tinh thần tích cực và ý thức tự giác và tính xây dựng; phải giải quyết vấn đề tận gốc có cơ sở khoa học; phải chủ động, nhìn xa thấy trước vấn đề, theo phương châm phòng bệnh kết hợp với chữa bệnh; phải có tính nguyên tắc và tinh thần đấu tranh sắc bén; lãnh đạo tư tưởng là một công việc khó khăn, lâu dài, hết sức phức tạp, cho nên lãnh đạo tư tưởng cần phải căn cứ vào thực tiễn, hoàn cảnh cụ thể, tình hình nhiệm vụ, đặc điểm của đối tượng mà kịp thời đề ra nội dung, yêu cầu, nhiệm vụ khác nhau. Đại tướng Nguyễn Chí Thanh luôn coi trọng đề cao yếu tố con người, yếu tố tinh thần, tư tưởng kế thừa tư tưởng quân sự đậm tính nhân văn Hồ Chí Minh với phương châm: “chính trị trọng hơn quân sự”; “người trước, súng sau”.
Trên cơ sở những vấn đề có tính nguyên tắc nói trên, Đại tướng Nguyễn Chí Thanh đã đưa ra phương pháp lãnh đạo công tác tư tưởng, đó là: luôn nắm chắc và hiểu rõ tình hình tư tưởng, phân tích nguyên nhân; biết động viên khen thưởng kịp thời, kiên trì bền bỉ, tăng cường tính thuyết phục; phát huy tác dụng tự phê bình và phê bình, trên tinh thần xây dựng khách quan, tự giác, đảm bảo tính chất quần chúng; hướng mọi hình thức, công cụ giáo dục chính trị vào mục đích lãnh đạo tư tưởng; kết hợp lãnh đạo tư tưởng với lãnh đạo tổ chức; kết hợp lãnh đạo tư tưởng với lãnh đạo thực thi chủ trương, chính sách của Đảng và Chính phủ. Đồng chí yêu cầu làm công tác tư tưởng phải kết hợp giữa “xây” và “chống”, kiên trì, bền bỉ, lấy thuyết phục là chính, nhưng cũng phải kiên quyết giữ vững nguyên tắc, tôn trọng kỷ cương, kỷ luật và pháp luật. Xây dựng nền nếp, chế độ công tác chính trị và phát huy sức mạnh của công tác chính trị trong lực lượng vũ trang nhân dân, làm cho công tác chính trị thực sự là linh hồn của quân đội.
Để tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với Quân đội, Đại tướng Nguyễn Chí Thanh coi trọng việc xây dựng Đảng bộ Quân đội vững mạnh, mấu chốt là xây dựng đội ngũ cán bộ. Đồng chí quán triệt rõ quan điểm xây dựng cán bộ xuất thân từ công, nông, bởi đây là lực lượng chủ lực của cách mạng; song, cũng rất khách quan trong nhận xét, đánh giá, sử dụng cán bộ thuộc các thành phần xuất thân khác. Đồng chí là người dám chịu trách nhiệm để bảo vệ cán bộ, bảo vệ cái đúng, không sợ khuyết điểm, bởi ở đồng chí có một lòng tin vững chắc vào sự giác ngộ và xu hướng phát triển của con người. Thường xuyên quan tâm đến công tác đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ quân đội “Vừa hồng, vừa chuyên”, xây dựng đội ngũ cán bộ có đủ đức, tài, phẩm chất và năng lực cho quân đội ta, bảo đảm đúng đường lối giai cấp của Đảng, đáp ứng yêu cầu phát triển của tình hình nhiệm vụ trong mỗi giai đoạn cách mạng. Đồng chí rất chú trọng giáo dục cán bộ về lý tưởng cách mạng, công tác quần chúng, về dân chủ, kỷ luật, đoàn kết và nhiều lần nhắc nhở cán bộ phải thật sự bình đẳng về chính trị với chiến sĩ, hết lòng thương yêu, chăm sóc, tận tình dìu dắt, giúp đỡ coi nhau như người một nhà. Cán bộ phải phát huy không ngừng và cao độ tinh thần tự giác cách mạng, gương mẫu trước quần chúng để khơi dậy tinh thần sáng tạo của quần chúng. Rất nhiều cán bộ dưới quyền được đồng chí phát hiện, trọng dụng, bố trí vào những vị trí công tác phù hợp đã phát triển trở thành những cốt cán của Đảng, Nhà nước và quân đội.
Quan tâm chỉ đạo xây dựng chế độ và công tác Đảng ủy trong Quân đội, khi xác định chế độ Đảng ủy trong Quân đội nghĩa là phải thành lập các cấp ủy viên hội của Đảng, từ cấp tiểu đoàn trở lên để làm hạt nhân lãnh đạo thống nhất trong bộ đội và định rõ chế độ thủ trưởng phân công phụ trách, dưới sự lãnh đạo của tập thể và thống nhất của đảng ủy, để thực hiện chế độ lãnh đạo của Đảng đối với Quân đội. Đồng chí đặc biệt coi trọng việc xây dựng chi bộ đại đội, nơi được xem là cầu nối giữa Đảng với quần chúng, hạt nhân đoàn kết ở cơ sở và lãnh đạo trong đại đội. Đồng thời, luôn đặt ra yêu cầu, đòi hỏi các cấp phải làm tốt công tác giáo dục, rèn luyện đảng viên toàn diện cả về giác ngộ chính trị, giác ngộ giai cấp, đạo đức cách mạng, năng lực và phương pháp, tác phong công tác.
Đại tướng Nguyễn Chí Thanh đã có công lớn trong việc củng cố, tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với quân đội, xây dựng Quân đội nhân dân Việt Nam vững mạnh về chính trị, tư tưởng và tổ chức; bồi dưỡng và phát huy bản chất cách mạng của quân đội ta, xây dựng nền nếp CTĐ - CTCT, không ngừng nâng cao sức mạnh chiến đấu của lực lượng vũ trang nhân dân.
Thường xuyên quan tâm củng cố và kiện toàn xây dựng chế độ và công tác đảng ủy trong quân đội; giữ vững nguyên tắc tập trung dân chủ trong sinh hoạt đảng; xác lập chế độ đảng ủy để làm hạt nhân lãnh đạo thống nhất trong quân đội và định rõ chế độ thủ trưởng phân công phụ trách dưới sự lãnh đạo tập thể và thống nhất của đảng ủy. Đồng chí cho rằng, kiện toàn chế độ đảng ủy là để thống nhất và tăng cường sự lãnh đạo của Đảng với quân đội.
Để tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với quân đội, Đại tướng Nguyễn Chí Thanh đã cùng Tổng Quân ủy tập trung mọi nỗ lực vào việc nghiên cứu, hoàn thiện cơ chế lãnh đạo của Đảng đối quân Quân đội. Từ nắm bắt thực tiễn, đồng chí đã đề xuất thay thế chế độ chính ủy tối hậu quyết định (được áp dụng từ tháng 8/1949) bằng chế độ đảng ủy. Vấn đề này đã được Đại hội lần thứ II của Đảng (2/1951) thảo luận, thông qua và ghi rõ trong Điều lệ Đảng. Sự ra đời của chế độ đảng ủy là một thành công lớn, ghi dấu ấn đóng góp quan trọng của Đại tướng Nguyễn Chí Thanh, góp phần khắc phục được những hạn chế của cơ chế cũ; đồng thời hình thành một cơ chế mới: “Lấy Đảng ủy làm hạt nhân của hạt nhân lãnh đạo, đồng thời xác định chế độ thủ trưởng chính trị và thủ trưởng quân sự phân công phụ trách dưới sự lãnh đạo tập thể của Đảng ủy”. Có thể nói đến nay, trải qua những giai đoạn khác nhau của cách mạng, chế độ đó vẫn được khẳng định là đúng đắn, khoa học, phù hợp với đặc điểm và bản chất cách mạng của quân đội ta. Những cống hiến to lớn của Đại tướng Nguyễn Chí Thanh về lý luận và thực tiễn chỉ đạo hoạt động công tác Đảng, công tác chính trị đối với việc xây dựng quân đội ta là những bài học quý giá.
Trong điều kiện hiện nay đòi hỏi chúng ta không ngừng học tập rèn luyện, nâng cao bản lĩnh chính trị, chống các biểu hiện suy thoái về đạo đức, lối sống “tự diễn biến” “tự chuyển hóa”. Học tập tấm gương sáng của Đại tướng Nguyễn Chí Thanh về lập trường giai cấp kiên định vững vàng, tinh thần cách mạng triệt để, tiến công kiên quyết và liên tục đối kẻ thù, để giành thắng lợi cho cách mạng, để bảo vệ Đảng, khó khăn không lùi bước; về lòng trung thành vô hạn đối với sự nghiệp cách mạng của Đảng, lòng yêu Tổ quốc, yêu nhân dân.
Luôn nêu cao cảnh giác, kiên quyết đấu tranh không khoan nhượng với những âm mưu thủ đoạn của các thế lực thù địch, phản động thực hiện “diễn biến hòa bình”, bạo loạn lập đổ; làm thất bại các luận điệu sai trái cho rằng quân đội là phi Đảng, phi chính trị, phi giai cấp, thực chất chúng muốn hạ thấp, loại bỏ vai trò lãnh đạo của Đảng và vai trò của công tác chính trị trong quân đội.