Bốn cựu thuộc cấp của ông Hiến ở Quân chủng Hải quân bị truy tố về tội Vi phạm quy định về quản lý đất đai (điều 229 Bộ luật Hình sự) là ông Bùi Như Thiềm (cựu trưởng phòng Kinh tế), Bùi Văn Nga (cựu giám đốc Công ty Hải Thành, thuộc Quân chủng Hải quân), Đoàn Mạnh Thảo (cựu trưởng phòng Tài chính), Trần Trọng Tuấn (cựu đại tá, phó giám đốc Công ty Hải Thành).
Liên quan vụ án, 3 người bị truy tố về tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản (điều 174 Bộ luật Hình sự) gồm: Đinh Ngọc Hệ (Út "Trọc", cựu phó tổng giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn), Phạm Văn Duyệt (cựu tổng giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Đức Bình), Vũ Thị Hoan (cựu giám đốc Công ty Yên Khánh).Tòa án Quân sự Quân chủng Hải quân thụ lý vụ án song dự kiến phiên xử được mở tại Tòa án Quân sự thủ đô vào ngày 18/5.
Trước đó, ngày 3/5, Ủy ban Kiểm tra Trung ương ra thông báo xác định ông Hiến đã "vi phạm rất nghiêm trọng các quy định của pháp luật trong vụ án hình sự xảy ra tại Quân chủng Hải quân" nên đề nghị Bộ Chính trị, Ban Chấp hành Trung ương xem xét, thi hành mức kỷ luật khai trừ Đảng.
Theo cáo trạng, hơn 7.300 m2 các khu đất số 2, 7-9, 9-11 đường Tôn Đức Thắng (TP HCM) có nguồn gốc đất quốc phòng, thuộc quản lý của Quân chủng Hải Quân. Ngày 13/3/2006, Thường vụ Đảng ủy Quân chủng Hải quân thống nhất phương án hợp nhất khu đất trên. Công ty Hải Thành được giao tổ chức hợp tác với các doanh nghiệp trên ba khu đất này nhưng đảm bảo giữ vững chủ quyền, đúng quy định pháp luật và có lợi cho Quân chủng.
Ngày 2/10/2006, Thường vụ Đảng ủy Quân chủng Hải Quân đề nghị và được Thành ủy UBND TP HCM chấp thuận chủ trương để lại toàn bộ tiền sử dụng đất cho Bộ Tư lệnh Hải quân để trả chi phí giải phóng mặt bằng (nếu có) và đầu tư xây dựng doanh trại hoặc cơ sở phúc lợi cho các đơn vị của hải quân.
Quá trình thực hiện, các bị can Thiềm, Nga và Thảo đã đề xuất với Thường vụ Đảng ủy Bộ Tư lệnh Hải Quân và trực tiếp thực hiện các phương án chuyển đổi mục đích sử dụng ba khu đất trên thành đất kinh tế, trái với quy định quản lý đất đai.
Tháng 7/2006, Quân chủng Hải quân chưa có báo cáo đề nghị Bộ Quốc phòng trình Thủ tướng cho điều chỉnh quy hoạch sử dụng đất nhưng bị can Thiềm và Thảo đã trình Thường vụ Đảng ủy Bộ tư lệnh Hải Quân xin ý kiến để ký các hợp đồng liên doanh xây dựng cao ốc văn phòng cho thuê trong 45 - 49 năm với mức khoán từ 4,5 đến 5 USD một tháng với mỗi mét vuông.
Nhà chức trách cáo buộc, ông Hiến khi đó là Tư lệnh Quân chủng Hải quân do thiếu kiểm tra, thiếu trách nhiệm trong việc quản lý đất quốc phòng nên nhất trí với những đề xuất không đúng quy định trên. Ông ký nhiều văn bản đề nghị Bộ Quốc phòng và các đơn vị liên quan xin chuyển đổi mục đích sử dụng đất quốc phòng để đưa ba khu đất vào hợp tác xây dựng văn phòng cho thuê.
Sau khi ủy quyền cho Giám đốc Công ty Hải Thành ký hợp đồng, ông không kiểm tra việc thực hiện của các đơn vị liên quan dẫn đến việc bị đối tác đưa giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đi thế chấp, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển nhượng cho bên thứ ba.
Hành vi của ông Hiến cùng các bị can khiến cho Quân chủng Hải quân mất quyền sử dụng ba khu đất trong thời gian 49 năm, gây thất thoát cho ngân sách Nhà nước 939 tỷ đồng, Viện kiểm sát Quân sự trung ương xác định.
Nhà chức trách cho hay quá trình điều tra không phát hiện ông Hiến "có động cơ, mục đích vụ lợi". Năm 2005-2009, ông phải thực hiện nhiều chức trách, nhiệm vụ của Tư lệnh Hải quân nên được cho là nguyên nhân khiến thiếu kiểm tra xét duyệt dẫn đến hậu quả vụ án.
Tại bản cáo trạng, VKS Quân sự Trung ương đề nghị tòa án cho ông Hiến hưởng tình tiết giảm nhẹ "thành khẩn khai báo"; có nhiều công lao đóng góp cho công cuộc xây dựng biển đảo của tổ quốc, xây dựng quân đội...