Trong thời kỳ chống chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, mỗi cán bộ công chức Hải quan là một chiến sĩ, vượt qua mưa bom, bão đạn, “bám tàu, bám hàng, bám cửa khẩu” để làm thủ tục cho hàng hóa XNK qua cảng Bến Thủy, ga Vinh và Cửa khẩu Nậm Cắn để chi viện cho chiến trường.
Trong khói lửa của chiến tranh, cán bộ, nhân viên Hải quan Nghệ An đã không quản ngại gian khổ, hy sinh, dưới sự lãnh đạo của cấp ủy và chính quyền địa phương, phối hợp chặt chẽ với các ngành, các cấp, không những làm tốt thủ tục và bảo vệ an toàn cho hàng chục vạn tấn hàng hóa qua các cửa khẩu, mà còn bắt giữ xử lý hàng trăm vụ buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa, vàng, bạc nén, vũ khí, chất nổ, tài liệu chiến tranh tâm lý phản động của địch. Với những thành tích đó, Hải quan Nghệ An nhiều năm liền được Bộ Ngoại thương, UBHC tỉnh Nghệ An và Cục Hải quan Trung ương tặng Cờ thi đua xuất sắc và Bằng khen, Trạm Hải quan cảng Bến Thủy được Chủ tịch nước tặng Huân chương Chiến công hạng Nhì, 57 lượt cán bộ nhân viên được tặng thưởng Huân, Huy chương Kháng chiến các hạng.
Sau ngày giải phóng miền Nam, thống nhất đất nước, Chi cục Hải quan Nghệ An được đổi tên thành Chi cục Hải quan Nghệ Tĩnh rồi Hải quan Nghệ Tĩnh. Dưới sự Lãnh đạo của Tổng Cục Hải quan, Hải quan Nghệ Tĩnh đã trưởng thành ở một tầm cao mới, tích cực xây dựng lực lượng Hải quan trong sạch vững mạnh. Nhờ đó, trong thời gian này, hàng vạn tấn hàng hóa mậu dịch đã được làm thủ tục thông qua Cửa khẩu Nậm Cắn để chi viện cho nước bạn Lào anh em. Các máy móc thiết bị, vật tư phân bón, xăng dầu, lương thực đã được làm thủ tục tại cảng Bến Thủy và cảng Cửa Lò để phục vụ phát triển kinh tế và đời sống của nhân dân. Đồng thời làm thủ tục xuất khẩu cho các hàng hóa nông sản của Nghệ An như: lạc, vừng, cam, chè, cà phê...
Tháng 6/1992, Tổng Cục Hải quan ra Quyết định số 107/TCHQ-TCCB, về việc tách Hải quan Nghệ Tĩnh thành Hải quan Nghệ An và Hải quan Hà Tĩnh. Đến năm 1994, Hải quan Nghệ An được đổi tên thành Cục Hải quan tỉnh Nghệ An như tên gọi hiện nay. Để hoàn thành nhiệm vụ, Cục Hải quan tỉnh Nghệ An đã tổ chức cho cán bộ, công chức học tập, quán triệt Pháp lệnh và các văn bản hướng dẫn thi hành, với phương châm đổi mới một cách căn bản triệt để, chống bảo thủ, trì trệ, tạo bước chuyển biến quan trọng trong công tác nghiệp vụ và xây dựng lực lượng.
Kết quả trong 10 năm đổi mới tiếp theo, từ năm 1991-2000, Cục Hải quan tỉnh Nghệ An đã đạt được những thành tích nổi bật: Tổ chức bộ máy được củng cố và hoàn thiện, số lượng và chất lượng đội ngũ cán bộ, công chức được tăng lên. Các mặt công tác nghiệp vụ được thực hiện đúng quy trình thủ tục và theo quy định của pháp luật. Ghi nhận những thành tích đạt được, Đảng, Nhà nước đã tặng thưởng cho Cục Hải quan tỉnh Nghệ An Huân chương Lao động hạng Ba, nhiều tập thể và cá nhân được Nhà nước tặng thưởng Huân chương và Bằng khen các loại.
Trong giai đoạn từ 2001-2010, với những thành tích đã đạt được Cục Hải quan tỉnh Nghệ An đã được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Nhì năm 2001 và hạng Nhất năm 2006 và nhiều phần thưởng cao quý khác.
Năm 2011 đánh dấu một bước ngoặt trong lịch sử ngành Hải quan nói chung và Cục Hải quan Nghệ An nói riêng trong tiến trình hiện đại hóa hải quan.
Năm 2014 ngành Hải quan nói chung và Cục Hải quan tỉnh Nghệ An sau giai đoạn tăng tốc đã chính thức vận hành hệ thống thông quan hàng hóa tự động VNACCS/VCIS. Cục Hải quan tỉnh Nghệ An cũng là đơn vị tiên phong trong việc triển khai hệ thống thông quan tự động VNACCS/VCIS. Chỉ sau 3 tháng triển khai, hệ thống thông quan tự động VNACSS/VCIS được thực hiện tại 100% Chi cục Hải quan trực thuộc.
Việc áp dụng phương pháp quản lý hải quan hiện đại đã góp phần nâng cao chất lượng công việc và các sản phẩm dịch vụ, đáp ứng nhu cầu ngày càng cao của hoạt động thương mại, đầu tư và du lịch trên địa bàn. Công tác đấu tranh phòng chống buôn lậu, gian lận thương mại, phòng chống kiểm soát ma túy được đơn vị triển khai đồng bộ cả trên biển, trên tuyến đường bộ, bắt giữ, xử lý hàng trăm vụ buôn lậu, trong đó có những vụ trị giá lớn.
Nhờ đó, chất lượng công việc và các sản phẩm dịch vụ ngày càng được nâng lên, đáp ứng nhu cầu ngày càng cao của hoạt động thương mại, đầu tư và du lịch trên địa bàn. Kim ngạch XNK tại Cục Hải quan tỉnh Nghệ An năm 2019 đạt 1.739,2 triệu USD, thu ngân sách nhà nước đạt 1.706,8 tỷ đồng; Năm 2020, kim ngạch XNK đạt 1.871 triệu USD, thu ngân sách nhà nước đạt 1.178,1 tỷ đồng và mặc dù bị ảnh hưởng bởi đại dịch Covid-19, nhưng 5 tháng đầu năm 2021 kim ngạch XNK đạt 1.114,1 triệu USD, thu ngân sách nhà nước đạt 691,7 tỷ đồng hoàn thành 55,3% chỉ tiêu pháp lệnh (1.250 tỷ đồng) .
Phát huy truyền thống vẻ vang của quê hương Xô viết anh hùng, quê hương của Chủ tịch Hồ Chí Minh vĩ đại, trong mỗi giai đoạn cách mạng, cán bộ, công chức, nhân viên Cục Hải quan tỉnh Nghệ An luôn nêu cao bản chất tốt đẹp của người cán bộ hải quan, vững vàng về chính trị, tinh thông về nghiệp vụ, trong sáng về đạo đức phẩm chất, hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao. Tiếp nối truyền thống của các thế hệ hải quan đi trước, thế hệ cán bộ, công chức Hải quan Nghệ An nguyện ra sức phấn đấu học tập, rèn luyện về mọi mặt, ngày càng trưởng thành để không phụ lòng tin của các bậc cha anh đi trước, xứng đáng với sự tin cậy của cấp ủy, chính quyền và nhân dân trong tỉnh.