Về vấn đề này, Luật sư Trần Văn Toàn - Văn phòng Luật sư Khánh Hưng - Đoàn Luật sư Hà Nội trả lời như sau:
Chế độ phụ cấp đối với cấp ủy viên
Theo Điều 2 Quy định số 169-QĐ/TW ngày 24/6/2008 của Ban Bí thư Trung ương Đảng (Khóa X) quy định về chế độ phụ cấp trách nhiệm đối với cấp ủy viên các cấp (tình trạng còn hiệu lực) thì, Ủy viên ban chấp hành Đảng bộ cấp quận, huyện, thị xã và tương đương hưởng hệ số 0,4 mức lương cơ sở; Ủy viên Ban Chấp hành đảng bộ, chi bộ cấp xã và tương đương hưởng hệ số 0,3 mức lương cơ sở.
Theo Điều 3 quy định này, trường hợp một đồng chí là cấp ủy viên nhiều cấp thì chỉ hưởng một mức phụ cấp trách nhiệm của cấp ủy cao nhất mà đồng chí đó tham gia.
Kinh phí chi trả phụ cấp đối với cấp ủy viên được hạch toán vào chi phí hoạt động của các tổ chức Đảng tại Quy định về chế độ chi hoạt động công tác đảng của tổ chức Đảng các cấp ban hành kèm theo Quyết định số 84-QĐ/TW, ngày 1/10/2003 của Ban Chấp hành Trung ương (khóa IX), nay được thay thế bởi Quyết định số 99-QĐ/TW ngày 30/5/2012 của Ban Chấp hành Trung ương (khóa XI).
Phụ cấp trách nhiệm Chính trị viên Phó Ban Chỉ huy Quân sự cơ quan
Theo Khoản 6, Điều 16 Nghị định số 03/2016/NĐ-CP ngày 5/1/2016 của Chính phủ quy định chi tiết, biện pháp thi hành một số điều của Luật Dân quân tự vệ thì, mức phụ cấp trách nhiệm đối với Chính trị viên Phó Ban Chỉ huy Quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở được tính và chi trả theo tháng, bằng mức lương cơ sở nhân với hệ số 0,22.
Thời gian được hưởng phụ cấp trách nhiệm tính từ ngày có quyết định bổ nhiệm và thực hiện cho đến khi có quyết định thôi giữ chức vụ đó; trường hợp giữ chức vụ từ 15 ngày trở lên trong tháng thì được hưởng phụ cấp cả tháng, giữ chức vụ dưới 15 ngày trong tháng thì được hưởng 50% phụ cấp trách nhiệm của tháng đó.
Theo Điều 25 của Nghị định này, kinh phí cho hoạt động của dân quân tự vệ (trong đó có phụ cấp trách nhiệm quản lý, chỉ huy đơn vị dân quân, tự vệ) do ngân sách Nhà nước bảo đảm, được bố trí trong dự toán chi ngân sách Nhà nước hàng năm của bộ, ngành, địa phương theo phân cấp ngân sách Nhà nước hiện hành.
Trường hợp ông Nguyễn Phấn Khởi vừa là Ủy viên Ban Chấp hành Đảng ủy cơ quan UBND huyện; vừa giữ chức vụ Chính trị viên Phó Ban Chỉ huy Quân sự cơ quan UBND huyện, không phải là người được bầu vào cấp ủy viên nhiều cấp, nên không thuộc trường hợp chỉ được hưởng một mức phụ cấp trách nhiệm của cấp ủy cao nhất nêu tại Điều 3 Quy định số 169-QĐ/TW.
Theo Quy định số 169-QĐ/TW của Ban Bí thư Trung ương Đảng, phụ cấp trách nhiệm cấp ủy viên do kinh phí của tổ chức Đảng chi trả. Theo Nghị định số 03/2016/NĐ-CP, phụ cấp trách nhiệm Chính trị viên Phó Ban chỉ huy Quân sự cơ quan do ngân sách Nhà nước bảo đảm. Hai khoản phụ cấp trách nhiệm áp dụng cho hai công tác khác nhau (công tác Đảng và công tác quản lý, chỉ huy dân quân tự vệ), ở mỗi cương vị công tác đều đòi hỏi trách nhiệm cao. Do đó, theo luật sư, ông Khởi là đối tượng được hưởng cả 2 khoản phụ cấp trách nhiệm này.