Duyên cách, địa danh và chính quyền
Ngày 15 tháng Tư năm Mậu Thân (1428), Lê Lợilên ngôi Hoàng đế (Lê Thái Tổ), đổi niên hiệu là Thuận Thiên, đặt Quốc hiệu là Đại Việt, kinh đô Thăng Long gọi là Đông Kinh.
Năm Mậu Thân (1428), nhà Lê chia cả nước làm 5 đạo: Đông, Tây, Nam, Bắc và Hải Tây (vùng đất phía Nam từ Thanh Hóa trở vào). Dưới đạo là trấn, lộ, phủ, huyện, châu, xã. Nghệ An, Diễn Châu thuộc đạo Hải Tây.
Năm Bính Dần (1446), Lê Thánh Tông chia nước làm 12 đạo. Năm Kỷ Sửu (1469), chia làm 12 thừa tuyên, dưới có phủ, châu, huyện, xã, thôn, sở, trang, sách. Hoan Châu và Diễn Châu hợp thành Thừa tuyên Nghệ An gồm các phủ Đức Quang, Anh Đô, Diễn Châu, Hà Hoa, Trà Lân, Quỳ Châu, Lâm An.
Đầu đời Lê, mỗi đạo có một viên Hành khiển đứng đầu coi việc hành chính, tư pháp và quân sự, bên cạnh còn có một viên Tổng quản chỉ huy quân đội. Đến đời Lê Thánh Tông mỗi thừa tuyên có hai ti: Thừa ti trông coi hành chính và tư pháp, đứng đầu là Thừa ti chính sứ; Đô ti trông coi việc quân sự do Tổng binh đứng đầu. Năm Tân Mão (1471), đặt thêm ti Hiến sát trông coi việc tư pháp do Hiến sát sứ đứng đầu.
Trị sở Nghệ An thời Lê sơ đặt ở Lam Thành. Thời Lê trung hưng, Thừa ti và Hiến ti vẫn ở Lam Thành, Trấn ti chuyển vào Dinh Cầu (Kỳ Anh) sau chuyển ra Dũng Quyết (Hưng Nguyên).
Trong dòng quyền lực
Nghệ An, từ năm 1469 đến 1831, là một đơn vị hành chính. Suốt cả thời Hậu Lê cho đến thời Tây Sơn, Nghệ An gần như lúc nào cũng là địa bàn của dòng chảy quyền lực hết sức phức tạp và khắc nghiệt của chính trị Đại Việt hồi bấy giờ.
Thời Lê sơ (1428 – 1527), những vị vua tài ba như: Lê Thái Tổ, Lê Thái Tông, Lê Thánh Tông, Lê Hiến Tông với cách tổ chức nhà nước, xã hội tiến bộ, những chính sách ưu việt về kinh tế, văn hóa, đối ngoại… đã đưa Đại Việt phát triển nhanh chóng về mọi mặt. Cuối thế kỷ XV, Đại Việt là một quốc gia hùng mạnh bậc nhất ở khu vực Đông Nam Á, lãnh thổ vào đến Phú Yên ngày nay, đã đánh dẹp Bồn Man, Lan Xang , Lão Qua, Xaiyna Chakhaphat, mở rộng lãnh thổ về phía Tây…
Nhưng sau đó, kể từ đời Vua Lê Uy Mục, nhà Lê suy yếu dần. Năm Đinh Hợi (1527), Mạc Đăng Dung bắt Vua Lê Cung Hoàng nhường ngôi, lập ra nhà Mạc. Nhà Mạc cai trị đất nước được 6 năm thì chính trường Đại Việt thay đổi.
Năm Kỷ Sửu (1529), Nguyễn Kim bỏ chạy vào miền núi Thanh Hóa rồi sang Ai Lao. Năm Quý Tỵ (1533), tìm dòng dõi nhà Lê là Lê Duy Ninh rồi đưa lên ngôi, tức là Vua Lê Trang Tông. Nhiều sỹ phu, tướng lĩnh bắt đầu tập hợp bên Nguyễn Kim để chống nhà Mạc. Nguyễn Kim lúc này làm Thái sư Hưng quốc công trông coi mọi việc. Cục diện này sách sử gọi Nam - Bắc triều.
Tới năm Kỷ Hợi (1539), Nguyễn Kim chiếm được huyện Lôi Dương ở Thanh Hóa. Năm Canh Tý (1540) thì tiến vào Nghệ An, bắt đầu xác lập chỗ đứng trở lại trên lãnh thổ Đại Việt.
Năm Ất Tỵ (1545), Nguyễn Kim bị hàng tướng là Dương Chấp Nhất đầu độc chết. Con rể ông là Trịnh Kiểm lên thay nắm quyền.
Trong suốt những năm 1545-1580 là giai đoạn hai bên giằng co, chiến sự nổ ra chủ yếu tại Thanh Hóa, Nghệ An, Ninh Bình, Sơn Nam.
Sau khi Trịnh Kiểm qua đời, con trai ông là Trịnh Tùng nổi dậy đoạt lấy binh quyền Nam triều từ tay anh trai Trịnh Cối. Năm 1573, ông lật đổ Vua Lê Anh Tông và đưa Vua Lê Thế Tông lên làm bù nhìn, bản thân nắm hết quân quốc đại sự. Cuối năm Nhâm Thìn (1592), Trịnh Tùng tiến đánh Thăng Long tiêu diệt nhà Mạc. Tàn dư nhà Mạc chạy lên Cao Bằng và cát cứ tới năm 1677.
Tháng 11/1558, Nguyễn Hoàng được lệnh vào trấn thủ Thuận Hóa với một quyền hạn rộng lớn “phàm mọi việc ở địa phương không kể to nhỏ đều cho tùy tiện xử lý”. Nguyễn Hoàng ra đi vừa để bảo toàn mạng sống, vừa tính kế phát triển sự nghiệp lâu dài. Trong suốt thời gian trấn thủ đất Thuận Quảng (1558 - 1613), Nguyễn Hoàng đã dốc sức củng cố thế lực, thu phục lòng người bằng lối cai trị mềm mỏng để đặt nền tảng cho việc xây dựng giang sơn riêng cho dòng họ mình. Và Thuận Hóa trở thành đất dựng nghiệp của họ Nguyễn.
Sau khi đánh bại nhà Mạc, Chúa Trịnh Tùng bắt đầu tính tới việc dẹp bỏ thế lực họ Nguyễn ở phía Nam do Nguyễn Hoàng - Trấn thủ Thuận Hóa - Quảng Nam cai quản. Cục diện chính trị Đàng Ngoài - Đàng Trong hình thành. Từ năm 1627 đến 1672 đã có 7 cuộc chiến xảy ra. Nội chiến liên miên, Nghệ An là bãi chiến trường. Đất nước bị chia cắt.
Chiến trường tàn khốc, dân chúng điêu linh
Từ khi Nguyễn Kim chống nhà Mạc (1533) cho đến tận khởi nghĩa Tây Sơn và cuối cùng là nhà Nguyễn thống nhất đất nước (1802), tình hình chính trị Đại Việt phức tạp, các thế lực liên tục tranh giành quyền lực, tạo ra các cục diện chính trị, an ninh phức tạp và căng thẳng.
Nghệ An, suốt từ đầu đến cuối của tiến trình lịch sử đó luôn là địa bàn trọng yếu mà các bên đều sử dụng, tận dụng và hướng tới.
Trong cục diện Nam triều - Bắc triều (1533 - 1592), nhà Lê - Trịnh chủ yếu đứng chân ở vùng Thanh - Nghệ. Chiến sự cũng chủ yếu diễn ra ở vùng này. Từ năm 1570 đến năm 1583, nhà Mạc đã 13 lần tấn công vào Thanh - Nghệ. Nhiều trận đánh lớn đã diễn ra ở Hội Thống, Cương Gián (Nha Nghi, Nghi Xuân); Quy Hợp, Trình Cao (Hương Khê), Cửa Sót (Thạch Hà)…
Trong cuộc chiến Đàng Trong - Đàng Ngoài, xứ Nghệ là chiến địa, đặc biệt là từ Nam sông Lam đến đèo Ngang là vùng chiến sự ác liệt nhất. Đã có lúc quân Nguyễn chiếm được cả 7 huyện của Nghệ An (1655).
Trong bối cảnh chiến tranh liên miên, trăm họ khốn khó, từ đầu thế kỷ XVI xuất hiện phong trào nông dân khởi nghĩa chống lại cường quyền. Năm Nhâm Thân (1512), ở Nghệ An có khởi nghĩa lớn của Lê Hi, Trịnh Hưng, Lê Minh Triệt. Sang thế kỷ XVIII, xứ Nghệ không phải là nơi khởi sự nhưng do vị trí địa lý quan trọng, hiểm yếu, nhân dân lại có truyền thống yêu nước và đấu tranh quật cường nên nhiều thủ lĩnh đã lui về vùng này để lập căn cứ địa hoặc xây dựng lực lượng như Nguyễn Hữu Cầu (Quận He), Lê Duy Mật…
Các cuộc khởi nghĩa ở Nghệ An cũng như cả nước cuối cùng đều bị đàn áp và thất bại nhưng đã làm rung chuyển chế độ cai trị hà khắc của tập đoàn phong kiến Lê - Trịnh, báo hiệu cho những cuộc khởi nghĩa với quy mô lớn hơn để đáp ứng nhu cầu của nhân dân được giải phóng khỏi ách áp bức tàn bạo, thoát cảnh nội chiến suốt mấy trăm năm và thống nhất đất nước.