Việc bỏ phiếu kín là một trong những vấn đề gây nhiều tranh cãi, bức xúc nhất trong quy trình xét chức danh giáo sư, phó giáo sư hiện nay. Nhiều ứng viên đủ tiêu chuẩn nhưng vẫn không đạt giáo sư, phó giáo sư vì không qua vòng bỏ phiếu. Vì thế, nhiều người cho rằng việc bỏ phiếu kín không đảm bảo tính khách quan, công bằng mà có nhiều cảm tính yêu ghét.
Tuy nhiên, điều này sẽ được khắc phục bởi theo dự thảo sửa đổi thì việc bỏ phiếu sẽ được tiến hành công khai ở cả ba vòng xét duyệt, từ hội đồng chức danh giáo sư cơ sở đến hội đồng chức danh giáo sư ngành, liên ngành và Hội đồng chức danh giáo sư nhà nước. Hội đồng có thể biểu quyết hoặc bỏ phiếu tín nhiệm có ghi đầy đủ họ tên của người bỏ phiếu.
Các hội đồng giáo sư chỉ tiến hành họp khi có ít nhất 3/4 tổng số thành viên của hội đồng tham dự.
Ở vòng xét duyệt hội đồng chức danh giáo sư cơ sở, mỗi hồ sơ của ứng viên phải đạt ít nhất 1/2 số phiếu tín nhiệm của tổng số thành viên hội đồng giáo sư cơ sở tham gia họp và trực tiếp bỏ phiếu tại phiên họp.
Vòng xét duyệt tại hội đồng giáo sư ngành, liên ngành, ứng viên phải đạt ít nhất 3/4 số phiếu tín nhiệm của tổng số thành viên hội đồng tham gia họp và trực tiếp bỏ phiếu tại phiên họp. Kết quả bỏ phiếu tín nhiệm được công bố công khai tại phiên họp.
Hội đồng Giáo sư nhà nước sẽ bỏ phiếu đồng ý hoặc không đồng ý đối với kết quả xét của hội đồng giáo sư ngành, liên ngành và danh sách ứng viên đủ điều kiện được công nhận đạt tiêu chuẩn chức danh giáo sư, phó giáo sư. Kết quả bỏ phiếu phải đạt ít nhất 1/2 (một phần hai) số phiếu của tổng số thành viên Hội đồng Giáo sư nhà nước tham gia họp và trực tiếp bỏ phiếu tại phiên họp.
Dự thảo cũng quy định nguyên tắc làm việc của Hội đồng Giáo sư nhà nước, hội đồng giáo sư ngành, liên ngành là tập thể, công khai, dân chủ và chỉ bỏ phiếu một lần cho ứng viên được đề nghị xét công nhận đạt tiêu chuẩn chức danh giáo sư, phó giáo sư.