BTC tiến hành phân loại hạt giống cho 10 đội tham dự dựa trên thành tích cao nhất của các đội tuyển trong 2 kỳ SEA Games gần nhất (Năm 2017 tại Kuala Lumpur và 2019 tại Philippines).
Nhóm 1 gồm Việt Nam và Thái Lan (mỗi đội 1 lần vô địch), nhóm 2 gồm Indonesia và Malaysia (mỗi đội 1 lần hạng Nhì), nhóm 3 gồm Myanmar và Campuchia (1 đội hạng Ba và 1 đội vào bán kết), nhóm 4 gồm Philippines và Singapore (mỗi đội 1 lần xếp thứ ba tại vòng bảng), nhóm 5 gồm Lào và Timor Leste (đứng thứ tư và thứ năm vòng bảng).
10 đội được bốc thăm vào 2 bảng A và B. Đội chủ nhà Việt Nam mang mã số A1 thi đấu trận khai mạc, Thái Lan mang mã số B1. Các nhóm còn lại bốc thăm vào các mã số tương ứng.
Kết quả bốc thăm đưa các đội Indonesia, Myanmar, Philippines và Timor Leste vào chung bảng A với chủ nhà Việt Nam. Trong khi đó ở bảng B, Thái Lan sẽ đọ sức cùng Malaysia, Singapore, Lào, Campuchia.
Trong khi đó tuyển nữ Việt Nam nằm ở bảng A cùng Philippines, Campuchia và Indonesia. Philippines, đội bóng dự World Cup bóng đá nữ 2023 là đối thủ chính của thầy trò HLV Mai Đức Chung.
Bảng B gồm Thái Lan, Myanmar, Lào và Singapore.
Ở 2 nội dung futsal nam, nữ chỉ có 5 đội tham dự, thi đấu theo thể thức vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng. Đội tuyển futsal nữ Việt Nam lần lượt đấu với Malaysia, Indonesia, Myanmar và Thái Lan. Đội tuyển futsal nam Việt Nam đối đầu với Indonesia, Malaysia, Myanmar và Thái Lan theo thứ tự.
Môn bóng đá nam SEA Games 31 dự kiến diễn ra từ ngày 6/5 tại các sân vận động Việt Trì (Phú Thọ), Thiên Trường (Nam Định) và Mỹ Đình (Hà Nội). Bảng đấu của U23 Việt Nam được tổ chức tại Phú Thọ. Các trận tranh Huy chương Đồng và chung kết diễn ra tại Hà Nội vào ngày 20/5.
Môn bóng đá nữ dự kiến được tổ chức ở Quảng Ninh và Hưng Yên. Nhà thi đấu Hà Nam là địa điểm thi đấu của 2 nội dung futsal.