Tại AFF Cup 2014, Nguyên Mạnh từng mắc phải sai lầm đáng quên nhất trong sự nghiệp. Phút 85 trận đấu, cầu thủ Samsul của Indonesia đột phá vào vòng cấm địa Việt Nam và dứt điểm trong vô vọng. Cú sút không mạnh hướng về thủ môn Nguyên Mạnh. Nhưng không ngờ, thủ môn của đội Việt Nam đã lúng túng để bóng lọt qua 2 chân, giúp Indonesia có ban gỡ vô cùng quý giá.
Đây có thể được xem là vận đen đầu tiên của thủ môn đẳng cấp quốc gia này. Sau cú sốc này, cánh cửa trở lại tuyển Việt Nam của Nguyên Mạnh luôn bị thử thách hết lần này đến lần khác.
Sau sự cố ở Indonesia 2 năm, tại bán kết lượt về AFF Cup 2016 cũng trước đối thủ Indonesia, Nguyên Mạnh đã phải nhận thẻ đỏ vì hành vi đạp vào lưng cầu thủ Bayu Pradana. Đây là sai lầm ấu trĩ của Nguyên Mạnh đẩy đội nhà vào thế khó và phải chịu thất bại chung cuộc trước Indonesia trong hiệp phụ.
Lần đen đủi nhất đối với Nguyên Mạnh có lẽ là tại AFC Cup 2018. Trong trận đấu giữa SLNA và CLB Tampines Rovers tại Singapore, thủ môn của đội bóng xứ Nghệ đã không may bị gãy tay sau nỗ lực nhảy lên cản phá bóng. Chấn thương kinh hoàng đó đã khiến Nguyên Mạnh đối mặt với nguy cơ giải nghệ sớm.
Mất một năm trời gồng mình chữa trị, tập hồi phục, cái tên Nguyên Mạnh dần phai nhạt trong mắt NHM Việt Nam. Thậm chí với nhiều người, cơ hội để thủ quân SLNA lấy lại được phong độ với dạng chấn thương “kinh hoàng” như thế là không nhiều. Với nỗ lực phi thường, Nguyên Mạnh trở lại V.League 2019 bằng màn trình diễn ấn tượng khiến tất cả phải nể phục. Ở V.League 2019, Nguyên Mạnh vẫn thể hiện được khả năng phản xạ xuất thần cùng lối chơi tư duy đầy chất thủ lĩnh của mình. Nguyên Mạnh chính là một trong những cầu thủ hay nhất của SLNA ở mùa giải 2019 tính đến hiện tại.
Với những gì đã thể hiện trong màu áo SLNA, Nguyên Mạnh đã lọt vào mắt xanh của ông Park Hang - seo. Tại King’’s Cup 2019, thủ thành xứ Nghệ được chiến lược gia người Hàn điền tên tham dự để bắt dự bị cho Văn Lâm. Tuy vậy, được lên tuyển sau 1 năm “gồng mình” vì chấn thương dẫu sao cũng là thành quả tuyệt vời đối với thủ thành gốc Đô Lương.
Trở lại màu áo SLNA, Nguyên Mạnh vẫn duy trì được phong độ ổn định giúp hàng thủ SLNA chơi chắc chắn. Cơ hội được lên tuyển của Nguyên Mạnh chuẩn bị cho trận đấu gặpThái Lan tại vòng loại World Cup 2019 là rất sáng sủa. Thế nhưng, những người được chọn lại là Tuấn Mạnh (Khánh Hòa) và Nguyễn Văn Cường của QNK Quảng Nam. Một quyết định khó lý giải của ông thầy người Hàn. Với nhiều người, Nguyên Mạnh xứng đáng được trao cơ hội hơn.
Không cần phải chờ đợi quá lâu, chỉ sau một tháng, Nguyên Mạnh đã được điền tên trong bản danh sách sơ bộ của ĐT Việt Nam nhằm chuẩn bị cho trận gặp Malaysia và Indonesia. Cơ hội để Nguyên Mạnh khẳng định mình ở lần tập trung này được đánh giá là khả quan.
Thế nhưng, vận đen một lần nữa lại gọi tên Nguyên Mạnh. Sau một nỗ lực cứu bóng, Nguyên Mạnh đã gặp vấn đề ở khuỷu tay, chấn thương “lãng xẹt” buộc anh phải nghỉ thi đấu hơn 2 tuần. Cơ hội đồng hành cùng đội tuyển tạm chấm dứt đối với Nguyên Mạnh.
NHM xứ Nghệ tất nhiên sẽ cảm thấy tiếc cho Nguyên Mạnh bởi sự kỳ vọng cho anh đang rất lớn. CĐV SLNA mong muốn đây là cơ hội để cả Nguyên Mạnh và Xuân Mạnh, những cầu thủ luôn phải khốn khổ vì những chấn thương ghi điểm và tạo được chỗ đứng trong mắt thầy Park. Tuy nhiên, một lần nữa hai từ "chấn thương" lại ám ảnh thủ thành xứ Nghệ
Với chấn thương này, rất khó để Nguyên Mạnh trở lại thi đấu 2 trận cuối cùng của SLNA tại V.League 2019. Không những thế, với vết thương này, Nguyên Mạnh sẽ gặp rất nhiều khó khăn trong giai đoạn còn lại của sự nghiệp bởi cuối năm nay, anh sẽ hết hạn hợp đồng với SLNA, việc ở lại hay tìm bến đỗ mới vẫn đang là một câu hỏi chưa có lời đáp. Trong khi đó, tiền sử chấn thương khuỷu tay của Nguyên Mạnh xem ra vẫn chưa được chữa trị dứt điểm, liệu rằng anh có thể trở lại với 100% phong độ vốn có hay không vẫn đang là một vấn đề lớn.