Cuối năm 2014, Hoàng Văn Khánh được người thầy cũ Ngô Quang Trường đôn lên đội 1 SLNA. Giải đấu đầu tiên của anh trong màu áo SLNA là Đại hội TDTT diễn ra tại Hà Nam. Năm đó, bóng đá Nghệ An (SLNA) đoạt huy chương vàng, còn cá nhân Văn Khánh thi đấu ở vị trí trung vệ nhưng là vua phá lưới (4 bàn). Một màn ra mắt ấn tượng của trung vệ trẻ ĐT U19 Việt Nam.
Năm 2014, trong vai trò tập sự, Văn Khánh chưa thi đấu nhiều. Sang mùa bóng 2015, anh được xỏ giày ra sân 4 trận. Lúc này, SLNA đang có Minh Đức - Ngọc Hải là cặp trung vệ lý tưởng, Văn Khánh được XSKT Cần Thơ mượn về thi đấu nửa năm. Sau quãng thời gian khoác áo XSKT Cần Thơ, Văn Khánh được ban lãnh đạo SLNA gọi về để tham dự mùa giải 2016. Ngay lập tức, Hoàng Văn Khánh giành được suất đá chính bên cạnh người đàn anh Quế Ngọc Hải, Nguyễn Minh Đức.
Từ phương án dự phòng cho 2 người đàn anh là Ngọc Hải và Mạnh Hùng, trung vệ có chiều cao 1m80 dần trở thành trụ cột ở hàng phòng ngự của đội bóng xứ Nghệ. Tại V.League 2016, Hoàng Văn Khánh thi đấu tổng cộng 22/26 trận, tương đương 1.927 phút. Tại V.League 2017, trung vệ mang áo số 5 thi đấu 24/26 trận, tương đương 2.059 phút. Đây là những con số vô cùng ấn tượng với cầu thủ mới 23 tuổi.
Nhờ phong độ ổn định của cặp trung vệ Ngọc Hải - Văn Khánh, SLNA là một trong những đội bóng có số bàn thua ít nhất tại V.League 2016 và V.League 2017 (cùng 36 bàn). Đặc biệt, chức vô địch Cúp QG 2017 của SLNA có công không nhỏ của Hoàng Văn Khánh. Với những màn trình diễn xuất sắc tại mùa giải 2017, trung vệ sinh năm 1995 còn lọt vào đội hình tiêu biểu của V.League 2017 do ban tổ chức bầu chọn. Anh được HLV Hữu Thắng triệu tập vào thành phần U22 Việt Nam tham dự SEA Games 29 diễn ra tại Malaysia.
Dù tại giải đấu đó, Văn Khánh và U22 Việt Nam không có một mùa giải thành công nhưng cũng giúp trung vệ trẻ SLNA cứng cáp và trưởng thành lên khá nhiều. Khi HLV Park Hang-seo đến và cùng U23 Việt Nam chuẩn bị cho VCK U23 châu Á, Văn Khánh cũng được gọi lên tập trung sau quãng thời gian hồi phục chấn thương.
Tuy nhiên, trận giao hữu gặp CLB Ulsan Hyundai, pha phạm lỗi khá thô của Văn Khánh đầu trận khiến U23 Việt Nam phải nhận bàn thua sớm trên chấm penalty. Có lẽ vì thoáng sai lầm đó mà Văn Khánh mất điểm trong mắt tân HLV trưởng ĐTQG, từ đó đánh mất cơ hội tham dự VCK U23 châu Á tại Thường Châu. Cũng kể từ đây, Văn Khánh vắng bóng trong các cấp độ ĐTQG khi HLV người Hàn Quốc tìm được bộ ba trung vệ ưng ý là Tiến Dũng - Đình Trọng và Duy Mạnh chơi rất lên chân.
Bước vào mùa bóng 2018, sự kỳ vọng đặt lên vai Văn Khánh càng lớn hơn khi trung vệ Phạm Mạnh Hùng tụt dốc không phanh, đàn anh Minh Đức vốn đã giải nghệ. Những trận đấu đầu tiên, trung vệ mang áo số 5 của SLNA là chốt chặn quan trọng nhất nơi hàng phòng ngự SLNA. Dù đội bóng xứ Nghệ vẫn nhận những trận hòa và thua đáng tiếc nhưng dấu ấn của Văn Khánh là rất lớn.
Đáng tiếc, kể từ khi giải quốc nội thi đấu trở lại sau quãng nghỉ để nhường chỗ cho Olympic Việt Nam tham dự ASIAD 18, Văn Khánh không còn giữ được sự tròn vai, xuất sắc thường thấy. So với trước đây, thể hình của trung vệ trẻ này “phát tướng” lên rất nhiều. Từ đó những bước chạy, những pha xử lý, truy cản hay đọc tình huống cũng trở nên chậm chạp và nặng nề hơn.
Giai đoạn lượt về, khi hàng tấn công chơi tốt thì Văn Khánh lại thường xuyên mắc lỗi vị trí, phạm lỗi không cần thiết hoặc không kèm được người. Thậm chí HLV Đức Thắng đã phải bố trí lại cặp trung vệ, tung Thế Nhật vào đá chính trong 5-6 trận cuối mùa. Đánh mất gần một nửa phong độ vốn có, Văn Khánh dĩ nhiên không có cơ hội dự AFF Cup 2018.
Tại V.League 2019 ở tuổi 24, Văn Khánh đã thực sự trở lại là chính mình, điềm tĩnh và hiệu quả hơn. Đá cặp cùng một trung vệ ngoại chất lượng như Damir Memovic, Văn Khánh càng thể hiện được tố chất phòng ngự của mình. Nếu như Memovic là những người cắt những pha bóng bổng thì Văn Khánh lại chơi như một trung vệ dập một cách xông xáo và quyết liệt. Trong 7 trận đấu đã qua, SLNA có đến 5 trận giữ sạch lưới, trong đó vai trò của cặp trung vệ này là không hề nhỏ.
Màn trình diễn ấn tượng trong giai đoạn đầu V.League của Văn Khánh chắc chắn đã được HLV Park Hang-seo theo dõi. Còn tại SLNA, khi mà Thế Nhật không còn sung sức, cặp trung vệ trẻ Thành Lâm – Bá Đức vẫn chưa có kinh nghiệm chinh chiến thì hàng phòng ngự đội bóng xứ Nghệ trong những năm tới đặt cả lên vai Văn Khánh./.