Theo quy định kèm theo Nghị định thư bổ sung hướng dẫn thực hiện Hiệp định nghề cá giữa 2 nước Việt Nam và Trung Quốc, trách nhiệm của cơ quan chức năng trong quản lý, bảo tồn nguồn lợi thủy sản như sau:
+ Bất kỳ người và tàu cá nào vào hoạt động trong Vùng đánh cá chung phải có giấy phép đánh bắt thủy sản trong Vùng, phải tuân thủ quy định này và các quy định liên quan của Hiệp định; Cơ quan chủ quản thực hiện quy định này của nước ta và Trung Quốc lần lượt là Bộ Thủy sản Việt Nam (nay là Bộ Nông nghiệp & PTNT) và Bộ Nông nghiệp PTNT Trung Quốc. Cục khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản Việt Nam và Cục quản lý giám sát ngư chính ngư cảng Nam Hải, Trung Quốc là cơ quan thực thi chịu trách nhiệm tổ chức phối hợp thực hiện cụ thể quy định này.
+ Thanh tra bảo vệ nguồn lợi thủy sản, Hải quân, Cảnh sát biển, Bộ đội biên phòng của phía Việt Nam và Cơ quan quản lý giám sát ngư chính ngư cảng, Công an Biên phòng, Bộ đội Hải quân của Trung Quốc chịu trách nhiệm giám sát, kiểm tra các hoạt động nghề cá trong Vùng đánh cá chung và tiến hành xử lý các hoạt động đánh bắt trái quy định. Cơ quan làm đầu mối phối hợp liên lạc của Việt Nam là Cảnh sát biển và phía Trung Quốc là cơ quan quản lý giám sát ngư chính ngư cảng.
+ Người và tàu cá được cấp phép khi hoạt động đánh bắt trong Vùng đánh cá chung phải mang theo tàu Giấy phép, Giấy đăng ký tàu cả, giấy tờ tuỳ thân của người trên tàu cá và tiến hành hoạt động đánh bắt theo nội dung ghi trong giấy phép. Tàu cá phải treo Quốc kỳ của nước mình và phải có dấu hiệu nhận biết theo quy định của UB Liên hợp nghề cá.
+ Cấm đánh bắt thủy sản bằng các phương pháp như dùng chất nổ, chất độc, xung điện và các loại ngư cụ, phương thức khai thác bị cấm sử dụng do UB Liên hợp nghề cá quy định; cấm đánh bắt các loài sinh vật hoang dã, quý hiếm dưới nước có nguy cơ tuyệt chủng sau: cá Voi, cá Heo, Bò biển, Rùa biển và San hô. Trong khi hoạt động đánh bắt bình thường, nếu vô ý bắt phải các sinh vật nêu trên phải lập tức thả xuống biển. Hai bên phải sử dụng biện pháp chống ô nhiễm, bảo vệ và cải thiện môi trường sinh thái Vùng đánh cá chung.
+ Tàu cá đang đánh bắt hoặc đang di chuyển phải tuân thủ quy tắc tránh va giữa các tàu, không được làm ảnh hưởng hoạt động đánh bắt bình thường của các tàu cá khác. Khi xảy ra tranh chấp hoặc sự cố gây tổn thất trên biển giữa tàu cá của hai bên, thuyền trưởng hai bên phải hiệp thương giải quyết, cấm dùng hành vi bất hợp pháp như đánh, bắt giữ người, đập phá, cướp tài sản hoặc phá hoại tàu.
Trong trường hợp không giải quyết tại chỗ, thuyền trưởng đương sự của 2 bên phải điền vào "Giấy xác nhận sự cố trong Vùng đánh cá chung" theo mẫu và nộp cho cơ quan thực thi nước mình để Cơ quan này của 2 bên phối hợp giải quyết hoặc chuyển cho UB liên hợp nghề cá giải quyết
(còn nữa)