Trước khi cùng SLNA tham dự mùa giải năm nay, Nguyễn Phú Nguyên từng có nửa mùa giải khoác áo Hải Phòng theo hình thức cho mượn. Tại sân Lạch Tray, Nguyễn Phú Nguyên ra sân 4 trận và chủ yếu thi đấu ở vị trí tiền vệ trung tâm, vị trí không phải sở trường của cầu thủ sinh năm 1995.
Trở lại sân Vinh sau quãng thời gian "tu nghiệp", những tưởng Nguyễn Phú Nguyên sẽ có thêm cơ hội để chứng tỏ khả năng trong màu áo SLNA. Đặc biệt, người giữ vị trí "thuyền trưởng" của đội bóng xứ Nghệ là HLV Ngô Quang Trường, người thầy của Nguyễn Phú Nguyên ở đội U17 SLNA năm 2012.
Tuy nhiên, kể từ đầu mùa giải đến giờ, vị trí quen thuộc của Nguyễn Phú Nguyên là trên băng ghế dự bị. Thậm chí, được vào sân thay người cũng là điều hết sức xa xỉ với Nguyễn Phú Nguyên, dù cầu thủ này không gặp vấn đề gì về thể lực. Lần gần nhất tiền vệ người Nam Đàn gặp chấn thương (rạn xương cổ tay), cũng chỉ phải nghỉ tập gần 1 tháng.
Không thể cạnh tranh nổi vị trí với Phan Văn Đức và Hồ Tuấn Tài là chuyện hoàn toàn bình thường. Nhưng phải làm phương án dự phòng cho cả những gương mặt vừa "chân ướt chân ráo" lên đội 1 như Trần Đình Tiến, Trần Ngọc Ánh và Nguyễn Văn Việt, đó là điều khó chấp nhận với cầu thủ từng có nhiều năm chinh chiến tại V.League như Nguyễn Phú Nguyên.
Kết thúc năm 2020, bản hợp đồng giữa Nguyễn Phú Nguyên và SLNA cũng sẽ chính thức đáo hạn. Không được thi đấu nhiều, không chỉ ảnh hưởng đến phong độ, mà còn khiến cho Nguyễn Phú Nguyên khó "lọt vào mắt xanh" của những đội bóng khác. Có thể nói, tình cảnh hiện tại của Nguyễn Phú Nguyên là vô cùng khó khăn.