Chia sẻ với Báo Nghệ An, tiền vệ sinh năm 1995 cho biết: "Mặc dù rất muốn được thi đấu gần nhà để tiện chăm sóc gia đình, nhưng đành phải ra đi nhằm tìm kiếm cơ hội mới. Thực sự là ở SLNA, tôi không có nhiều cơ hội được ra sân thi đấu thường xuyên".
Nguyễn Phú Nguyên là cầu thủ cùng lứa với Hoàng Văn Khánh, Hồ Tuấn Tài... Tiền vệ người Nam Đàn từng là trụ cột của các đội trẻ SLNA, từ U13 cho đến U21. Thành tích ấn tượng nhất của Nguyễn Phú Nguyên là chức vô địch tại VCK U17 QG 2012, giải đấu mà cầu thủ này luôn có mặt trong đội hình chính thức.
Đáng tiếc, kể từ khi lên đội 1, Nguyễn Phú Nguyên lại ít được Ban huấn luyện SLNA trọng dụng. Những chấn thương khác nhau đã khiến cầu thủ 25 tuổi không thể cạnh tranh nổi vị trí với các đồng đội. Thậm chí là ở mùa giải năm ngoái, Nguyễn Phú Nguyên còn phải khoác áo Hải Phòng theo hình thức cho mượn.
Theo thống kê, trong 5 mùa giải khoác áo SLNA và Hải Phòng (2016 - 2020), Nguyễn Phú Nguyên được ra sân thi đấu tổng cộng 540 phút và sở hữu 1 bàn thắng tại đấu trường V.League. Riêng ở mùa giải 2020, tiền vệ người Nam Đàn chỉ có vỏn vẹn 71 phút được hiện diện trên sân.
Đánh giá một cách khách quan, Nguyễn Phú Nguyên là mẫu cầu thủ đa năng khi có thể đảm nhiệm nhiều vị trí khác nhau. Bên cạnh vị trí tiền vệ cánh phải sở trường, Nguyễn Phú Nguyên còn chơi tròn vai ở vị trí tiền vệ cánh trái và vị trí tiền vệ trung tâm, trong những thời điểm được Ban huấn luyện giao phó.
Như vậy, Nguyễn Phú Nguyên là gương mặt thứ 4, sau Hồ Tuấn Tài, Felipe Martins và Nguyễn Quang Tình đã chính thức nói lời chia tay đội bóng xứ Nghệ./.