Không giống với nạp đạn cho chiến hạm, quá trình nạp đạn cho tàu ngầm diễn ra khá phức tạp và đòi hỏi người lính thợ phải có kỹ năng và kinh nghiệm thuần thục.Đối với các tàu ngầm Kilo, quá trình nạp đạn tên lửa hay cả đạn ngư lôi đều thông qua hai cửa mở của hai trong số 6 ống phóng lôi 533mm được trang bị trên tàu. Khi nạp đạn các ống phóng lôi trên cùng trên sẽ được mở ra để lính thợ vận hành cần cẩu đẩy đạn tên lửa đi vào bên trong các ống phóng này. Quá trình này diễn ra khá chậm do quy trình kỹ thuật yêu cầu độ chính xác cao nhằm đảm bảo đạn tên lửa và ống phóng lôi không xảy ra va chạm hay hư hỏng trong suốt thời gian nạp đạn. Khi đã đặt được đạn tên lửa lên trên máng đỡ quá trình đẩy đạn vào bên trong ống phóng lôi sẽ diễn ra hoàn tự động bởi một hệ thống điều khiển ở bên trong tàu ngầm, theo thiết kế các tàu ngầm Kilo chỉ có thể mang theo tối đa 4 đạn tên lửa hành trình hoặc chống hạm. Trong khi đó đạn ngư lôi lên đến 18 đơn vị. Từ hình ảnh được công bố cho thấy, tàu ngầm Kilo Việt Nam đang được nạp đạn tên lửa thuộc hệ thống Club-S. Theo thông tin từ Diễn đàn quân sự Bharat-Rakshak (Ấn Độ) cho biết, cùng với việc mua tàu ngầm Kilo, Nga cũng cung cấp cho Việt Nam 50 tên lửa hành trình thuộc hệ thống Club-S có tầm bắn tối đa 300 km vừa diệt hạm vừa tấn công mục tiêu trên đất liền. Tên lửa Club-S phóng từ tàu ngầm Kilo có thể tấn công mục tiêu trên đất liền cách đó 300 km. Bharat-Rakshak cho biết thêm, tên lửa Club-S nặng 2 tấn, phóng đi bằng ống phóng ngư lôi loại 533 mm (21 inch) của tàu ngầm Kilo, mang đầu đạn nặng 200 kg. Tầm bắn của loại tên lửa hành trình này tối đa 300 km, nhưng đáng sợ nhất là khi còn cách mục tiêu khoảng 15 km, tên lửa này (đang bay ở độ cao chỉ 30 m) tăng tốc lên đến 3.000 km/h, tức chưa đầy 20 giây nó sẽ đánh đúng mục tiêu. Với tốc độ này thì việc đánh chặn tên lửa Club-S ở giai đoạn cuối là cực khó, nếu không nói là bất khả thi. Ngoài ra, Bharat-Rakshak còn cho rằng sự đáng sợ của Club-S trên tàu ngầm Kilo của Hải quân Việt Nam đối với kẻ thù là hệ thống này có thể phóng được nhiều loại tên lửa khác nhau. Cụ thể, đạn tên lửa chống tàu siêu thanh 3M-54E đạt tầm bắn 300km, tốc độ bay Mach 2,9, lắp đầu đạn xuyên giáp nặng 200kg. Đạn tên lửa hành trình đối đất 3M-14E đạt tầm bắn 275km, lắp đầu đạn nặng 400kg. Đạn tên lửa chống tàu ngầm 91RE1 có tầm bắn 50km. Đạn tên lửa chống tàu ngầm 91RE2 có tầm bắn 40km... Tờ báo Ấn Độ cho rằng, với dàn vũ khí này, thế giới ghi nhận hiện chưa có hệ thống phòng thủ trên biển nào đủ sức mạnh để ngăn chặn đòn đánh từ tàu ngầm Kilo.