Vòng loại giải bóng đá Vô địch U19 Quốc gia 2021 gồm 28 đội chia làm 5 bảng. Các bảng đấu sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn 2 lượt đi và về để lựa chọn ra những cái tên ưu tú nhất góp mặt ở VCK U19 Quốc gia 2021(dự kiến 12 đội).
Theo kết quả chia bảng, U19 SLNA nằm ở bảng B do chủ nhà Kon Tum đăng cai tổ chức gồm các đội: Kon Tum, SLNA, SHB Đà Nẵng, Thừa Thiên - Huế và Học viện Nutifood.
Trận ra quân gặp U19 SHB Đà Nẵng chiều 10/1, đây là đối thủ mà các học trò HLV Phạm Bùi Mình đã giành chiến thắng 4-1 trong trận giao hữu trước giải đấu. Ra sân với đội hình mạnh nhất, U19 SLNA giành chiến thắng 2-0 với các bàn thắng của Cái Văn Quỳ và Hồ Văn Cường ở các phút 40 và 75.
Lượt trận thứ 2 tại bảng B, U19 SLNA sẽ gặp chủ nhà U19 Kon Tum vào lúc 17h00 ngày 12/1. Các trận đấu tại vòng loại sẽ diễn ra từ ngày 10/1 đến 2/2/2021. Vòng chung kết được tổ chức từ ngày 24/3 đến 2/4/2021.