Theo đài NPR, ông McCabe đã bị điều tra nội bộ, liên quan đến các quyết định của ông khi còn giữ chức Phó giám đốc FBI. Cụ thể, vào năm 2016, ông McCabe cho phép các quan chức FBI cung cấp thông tin cho báo chí về một cuộc điều tra nhắm vào Quỹ Clinton do Bộ Tư pháp cũng như FBI tiến hành. Bản thân ông McCabe cũng có quan hệ với Devlin Barrett, cựu phóng viên tờ Wall Street Journal từng có bài viết về cuộc điều tra này.
Một nguồn thạo tin giấu tên cho hay, Tổng thanh tra của Bộ Tư pháp đã kết luận, ông McCabe thiếu trung thực và không hợp tác trong cuộc rà soát nội bộ. Báo cáo đã dẫn tới việc Văn phòng giải trình trách nhiệm nghiệp vụ của FBI đề xuất sa thải vị phó giám đốc sắp mãn nhiệm khi ông chỉ còn vài ngày nữa là cầm quyết định nghỉ hưu.
Nếu không có gì bất thường, ông McCabe sẽ chính thức nghỉ hưu từ ngày 18/3. Mặc dù Bộ trưởng Tư pháp vẫn chưa đưa ra quyết định cuối cùng nhưng nhiều người cho rằng, ông McCabe có thể bị sa thải trước ngày 16/3, một quyết định có khả năng ảnh hưởng tới lương hưu của quan chức này. Thông thường, lương hưu của ông McCabe sẽ được tính dựa theo lương hưởng hàng tháng trước đây và gần 21 năm thâm niên công tác tại FBI.
Ông McCabe là mục tiêu công kích thường xuyên của Tổng thống Trump và những người ủng hộ thuộc phe Cộng hòa kể từ chiến dịch vận động tranh cử tổng thống vào năm 2016. Bản thân ông Trump cũng nhiều lần công khai cáo buộc ông McCabe đang hành động chống lại mình. Lí do vì, ông McCabe đã tham gia cuộc điều tra về các mối quan hệ giữa chiến dịch tranh cử của ông Trump với phía Nga ngay từ đầu. Ông cũng có thể là nhân chứng trong cuộc điều tra xem liệu Tổng thống Trump có cố gắng ngăn cản công lý hay không.