1. Long An tẩy chay không tiếp tục thi đấu
Trong trận đấu giữa TP HCM và Long An ở vòng 6 V-League 2017 chiều 19/02/2017 trên sân Thống Nhất. Phút 80, khi trọng tài Nguyễn Trọng Thư đã cắt còi khi một cầu thủ đội chủ nhà ngã trong vòng cấm và chỉ tay vào chấm 11m.
Không đồng tình với quyết định của trọng tài chính, BLĐ và cầu thủ Long An đã phản ứng quyết liệt kéo nhau ra sân định không tiếp tục thi đấu. Trận đấu được tạm ngừng vài phút sau đó khi có sự can thiệp từ giám sát trận đấu.
Nhưng những hình ảnh sau đó càng trở nên xấu xí hơn khi thủ thành Minh Nhựt có hành động quay lưng về phía đối phương, mặc cho Victor dễ dàng thực hiện pha phạt đền thành công. Ở phút còn lại, toàn bộ cầu thủ Long An đứng im và cố tình chuyền sai để TP HCM dễ dàng ghi thêm hai bàn ấn định chiến thắng 5-2.
Sau trận đấu này, đội Long An đã phải nhận án phạt rất nặng từ VFF, cú sốc này đã khiến họ phải xuống hạng ở mùa giải năm nay.
2. Trưởng ban trọng tài VFF bao che cho Hoàng Vũ Samson
Trong tình huống tranh chấp bóng ở sát đường biên, Samson cùng đồng đội Văn Kiên liên tục lao gầm giày vào người tiền vệ Châu Ngọc Quang bên phía đội khách trong trận Hà Nội FC gặp HAGL ở vòng 3 V-League.
Tuy nhiên, trưởng ban trọng tài VFF là Nguyễn Văn Mùi đã cho rằng đây là pha bóng tranh chấp với mức độ liều lĩnh, điều này đã khiến cho người hâm mộ cảm thấy bức xúc. Sau đó, trước sự phản ứng quyết liệt từ truyền thông lẫn chuyên gia, Ban kỷ luật VFF buộc phải thay đổi quyết định của mình và tiến hành phạt nguội Samson.
3. Chủ tịch Lê Nguyên Hồng nói trọng tài học ở trường mù
Sau trận thua HAGL với tỉ số 0-1 trên sân Pleiku, ông Lê Nguyên Hồng - Chủ tịch CLB Quảng Nam đã bức xúc chỉ trích trọng tài khi cho rằng trọng tài được học ở trường mù: "
Phát ngôn của ông Hồng khiến dư luận không khỏi sốc bởi ông đang là ủy viên Ban chấp hành VFF.
4. Ban kỷ luật VFF dung dưỡng cho bạo lực
Ở vòng 23 V-League, tiền đạo Olaha của SLNA đã có hành động giật chỏ vào mặt trung vệ Nguyễn Cửu Huy Hoàng nhưng khi mổ băng xem hình, Ban kỷ luật VFF đã kết lụan rằng hành vi này “không mang tính bạo lực”
5. Văn Quyết giật chỏ Xuân Tú
Ở vòng 26 V-League 2017, Văn Quyết có pha giật cùi chỏ vào mặt tiền vệ Nghiêm Xuân Tú. Hành động này đã qua mặt được được trọng tài người Thái Lan Nathan Chan, nhưng sau đó anh bị VFF phạt 15 triệu đồng và treo giò hai trận. Vụ việc này còn khiếnVăn Quyết bị gạch tên khỏi đề cử Quả bóng vàng Việt Nam 2017.