Lễ truy điệu và tưởng niệm đồng thời được tổ chức tại Văn phòng 2 Giáo hội Phật giáo Việt Nam tại TP. HCM và các chùa, tự viện, cơ sở thờ tự Phật giáo trên cả nước.
Đại lão Hòa thượng đã cùng chư tôn đức mở trường Phật học đào tạo tăng ni, dành cả cuộc đời cho việc biên soạn, chú giải Đại từ điển Phật học; hiệu đính Đại tạng kinh... Trên ngôi vị tối cao, ngài vẫn sống thanh bần, ung dung, tự tại theo gương bách trượng Tổ sư tại ngôi cổ tự giữa vùng chiêm trũng Đồng bằng Bắc Bộ.
"Là bậc chân tu quảng bác, nhưng trọn đời Đức Pháp chủ sống ẩn dật nơi mái chùa quê thanh tịnh. Vì vậy, ngài được tăng ni, nhân dân hết lòng tín ngưỡng. Ngài luôn tự nhận là lão nông tăng, nhưng trở thành biểu tượng của tinh thần đoàn kết các tôn giáo", Thượng tọa Thích Đức Thiện bày tỏ.
Cuộc đời Đức Pháp chủ là di sản vô giá để lại cho Giáo hội Phật giáo Việt Nam hôm nay và mai sau; đạo hạnh của ngài đã "đạt được ba điều mà thiên hạ ai ai cũng đều cúi đầu kính ngưỡng: Ngôi vị cao nhất; tuổi thọ dài nhất; đức độ sáng nhất".
Khi Hòa thượng Thích Trí Quảng đọc lời tưởng niệm, trong sân chùa, hàng trăm tăng ni, phật tử cùng chắp tay trước ngực lắng nghe, niệm phật.
Sau lễ truy điệu, kim quan Đại lão Hòa thượng Thích Phổ Tuệ được nhập bảo tháp trong khuôn viên Tổ đình Viên Minh.
Từ năm 1987 đến nay, ông giữ nhiều chức vụ trong Giáo hội Phật giáo Việt Nam. Đại hội đại biểu Phật giáo toàn quốc lần thứ VI, tháng 11/2007, đã thống nhất suy tôn Hòa thượng Thích Phổ Tuệ giữ ngôi vị Pháp chủ Hội đồng Chứng minh Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam.