Thực ra, từ khi còn là Thứ trưởng Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ, tại các cuộc họp của bộ ông Shanakhan đã vài lần phát biểu rất tiêu cực về chương trình thiết kế chế tạo F-35, ông nói rằng đó là chương trình "không ra sao", đồng thời lên tiếng chỉ trích giám đốc của Lockheed Martin, theo một nguồn tin khác.
Chương trình thiết kế chế tạo F-35 Lightning II của Lockheed Martin trở nên đắt tiền nhất trong lịch sử sản xuất vũ khí của Hoa Kỳ, với chi phí khoảng nửa nghìn tỷ đô la. Các nhà phát triển đã vượt quá chi phí dự tính hàng trăm tỷ đô la, và máy bay chiến đấu được đưa vào hoạt động muộn hơn bảy năm so với dự kiến.
Đồng thời, các phương tiện truyền thông cũng đã nhiều lần đưa tin về những vấn đề kỹ thuật khác nhau của loại máy bay này. Cụ thể, National Interest cho biết, do đặc điểm thiết kế, F-35 dễ bị sét đánh.