Ba bị can khác cùng bị khởi tố trong vụ án này là lãnh đạo doanh nghiệp gồm: Phùng Ngọc Khánh - Chủ tịch HĐQT, Tổng Giám đốc Công ty CP M&C (gọi tắt Công ty M&C); Nguyễn Trọng Hiếu - Giám đốc Công ty đầu tư và phát triển năng lượng Việt Lào, nguyên Chủ tịch HĐQT Công ty CP phát triển Điện lực Sài Gòn và Kim Văn Bộ - nguyên Phó Giám đốc Công ty Điện lực Sài Gòn. 3 bị can này bị khởi tố về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản. Các quyết định khởi tố bị can đã được VKSND tối cao phê chuẩn.
Theo kết quả điều tra ban đầu, dự án Cao ốc Sài Gòn M&C do Công ty Sài Gòn One làm chủ đầu tư, có công năng xây dựng cao ốc văn phòng, trung tâm thương mại và căn hộ cho thuê; chưa được phép bán và Công ty Sài Gòn One chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính về quyền sử dụng đất với Nhà nước.
HĐQT Công ty Sài Gòn One đã ra chủ trương phân chia cho các cổ đông quyền mua diện tích sàn căn hộ tại dự án này nhằm tăng vốn điều lệ để trả nợ vay ngân hàng và kinh phí tiếp tục đầu tư thực hiện dự án; chưa có quyết định phân chia cụ thể.
Lợi dụng chủ trương này, Phùng Ngọc Khánh - Chủ tịch HĐQT, Tổng Giám đốc Công ty CP M&C là cổ đông của Công ty Sài Gòn One đã cấu kết với Nguyễn Trọng Hiếu - Giám đốc Công ty đầu tư và phát triển năng lượng Việt Lào, nguyên Chủ tịch HĐQT Công ty CP phát triển Điện lực Sài Gòn để Hiếu ủy quyền cho Kim Văn Bộ - nguyên Phó Giám đốc Công ty Điện lực Sài Gòn, ký và lập khống hồ sơ việc mua bán, thanh toán 6 căn hộ thuộc dự án Cao ốc Sài Gòn M&C; đồng thời Khánh nâng khống giá trị 255.000 cổ phần Công ty M&C để làm tài sản thế chấp vay 305 tỉ đồng của GPBank.
Sau khi được GPBank giải ngân, nhóm Phùng Ngọc Khánh đã sử dụng vào mục đích cá nhân. CQĐT xác định, trong vụ án này, Khánh và Hiếu đóng vai trò chủ mưu; Bộ giữ vai trò giúp sức, trực tiếp thực hiện hành vi tội phạm theo chỉ đạo của Hiếu. Các bị can thuộc GPBank ký phê duyệt cho vay khi khách hàng chưa đủ điều kiện; gây thiệt hại cho GPBank hơn 674 tỉ đồng gồm gốc và lãi.