Được thành lập ngày 19/5/1956, tiền thân là Chi sở Hải quan Nghệ An, quá trình hoạt động, Hải quan Nghệ An luôn nhận được sự quan tâm, chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan; Tỉnh ủy, Hội đồng nhân dân, UBND tỉnh Nghệ An, thực hiện tốt công tác quản lý về Hải quan tại các địa bàn được giao.
Để đáp ứng yêu cầu đổi mới, phát triển và thực hiện Quyết định số 1919/QĐ-BTC ngày 06/9/2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, bộ máy Cục Hải quan tỉnh Nghệ An được tinh gọn, hiện nay gồm 5 phòng tham mưu giúp việc Cục trưởng, 5 Chi cục Hải quan cửa khẩu và ngoài cửa khẩu, 2 đội kiểm soát. 
bna_image_9536114_1652019.jpgHải quan Nghệ An đón nhận Cờ Đơn vị thi đua xuất sắc của ngành Tài chính. Ảnh: Hoàng Vĩnh
Để nâng cao hiệu quả công tác, đáp ứng yêu cầu ngày càng cao trong công tác hải quan, Cục Hải quan Nghệ An tích cực CCHC, hiện đại hóa ngành Hải quan gắn với tăng cường xây dựng, chỉnh đốn Đảng; ngăn chặn, đẩy lùi sự suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, những biểu hiện "tự diễn biến", "tự chuyển hóa" trong nội bộ và thực hiện đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả.
Cùng đó, thực hiện tinh giản biên chế và cơ cấu lại đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức; Cục đã ban hành Đề án tinh giản biên chế giai đoạn 2016 - 2021, theo đó đến năm 2021 đảm bảo giảm 10% quân số so với hiện nay.

Năm 2015, Hải quan Nghệ An có 14 đơn vị thuộc và trực thuộc sau khi tổ chức sắp xếp lại tổ chức bộ máy còn lại 12 đơn vị thuộc và trực thuộc. Cùng với toàn ngành Hải quan, Cục Hải quan tỉnh Nghệ An tiến hành rà soát và đề xuất sắp xếp lại tổ chức bộ máy cấp Tổ, Đội tại các đơn vị trực thuộc và sau khi sắp xếp tổ chức bộ máy, số lượng cán bộ lãnh đạo cấp Đội/Tổ từ 33 người giảm xuống còn 19 người. 

Kiểm tra hàng hóa XNK tại Cảng Cửa Lò. Ảnh: Hoàng Vĩnh
Thời gian qua, Hải quan Nghệ An thực hiện xếp ngạch cho công chức tuyển dụng mới, 20 công chức chuyển ngành, nâng ngạch kiểm tra viên chính hải quan cho 17 công chức, nâng ngạch kiểm tra viên hải quan cho 5 công chức. Căn cứ vào chỉ tiêu biên chế được Tổng cục Hải quan phân bổ, Cục Hải quan Nghệ An đã chủ động bố trí, sắp xếp cán bộ công chức phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, vị trí việc làm, phát huy được chuyên môn, năng lực sở trường trong thực hiện công việc.
Cục cũng chủ động điều động, luân chuyển, phân bổ biên chế công chức để các đơn vị thuộc và trực thuộc thực hiện nhiệm vụ phù hợp với yêu cầu công tác. Quá trình đó, bảo đảm sự ổn định, kế thừa và phát triển của đội ngũ công chức, đồng thời nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động. Hiện nay, biên chế của Cục Hải quan Nghệ An là 185 công chức, hợp đồng lao động (HĐLĐ) theo Nghị định 68/2000/NĐ-CP có 62 người, lao động HĐ khác là 7 người. 
Bên cạnh đó, BCH Đảng ủy Cục tham gia cùng với tập thể lãnh đạo Cục Hải quan Nghệ An thống nhất chỉ đạo công tác tổ chức cán bộ theo quy chế, quy định. Từng bước kiện toàn, sắp xếp tổ chức bộ máy, quy hoạch, đào tạo bồi dưỡng công chức, bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật đúng chức năng, quyền hạn. Đảng ủy và lãnh đạo Cục Hải quan tạo mọi điều kiện cho các tổ chức đoàn thể hoạt động, phát huy vai trò trong thực hiện các phong trào thi đua.
Hải quan Nghệ An bắt giữ hàng buôn lậu. Ảnh: HV
Căn cứ vào nhiệm vụ công tác thực tế tại đơn vị, cơ cấu chức danh lãnh đạo các đơn vị, Cục Hải quan tiến hành rà soát bổ sung, đưa ra khỏi quy hoạch những cán bộ đã được bổ nhiệm không đủ điều kiện tiêu chuẩn theo quy định, sắp xếp tổ chức bộ máy, đưa cán bộ đủ điều kiện vào quy hoạch đảm bảo công khai, dân chủ, khách quan, không có khiếu nại, tố cáo.
Từ năm 2015 đến nay, Cục Hải quan thực hiện bổ nhiệm 20 công chức giữ chức vụ lãnh đạo, bổ nhiệm lại 9 công chức lãnh đạo. Các trường hợp công chức lãnh đạo được bổ nhiệm lại đều đáp ứng yêu cầu về thời gian theo quy định. Ngoài ra, Cục Hải quan còn thực hiện tốt công tác luân chuyển, luân phiên, chuyển đổi vị trí công tác, điều động theo yêu cầu nhiệm vụ để tránh tình trạng công chức làm 1 việc, tại một vị trí lâu năm, phòng ngừa hành vi tiêu cực... 
Cục thường xuyên thực hiện CCHC, hiện đại hóa Hải quan, phòng chống tham nhũng, xây dựng lực lượng hải quan trong sạch, vững mạnh. Mỗi cán bộ công chức luôn nâng cao tinh thần cảnh giác, đề cao trách nhiệm cá nhân, giữ nghiêm kỷ cương kỷ luật hành chính khi thi hành công vụ tạo điều kiện thuận lợi, nhanh chóng cho hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, xuất nhập cảnh người, phương tiện, không gây phiền hà, sách nhiễu, tiêu cực với doanh nghiệp và người dân. Cùng đó, phối hợp các lực lượng tăng cường công tác kiểm soát, phòng chống buôn lậu, buôn bán hàng cấm. 
Cục Hải Quan Nghệ An hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan qua hệ thống VNACCSVCIS . Ảnh: Hoàng Vĩnh
Cục Hải quan Nghệ An đã ban hành những giải pháp điều hành phù hợp với tình hình thực tế, nhằm tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại đầu tư trên địa bàn, tăng kim ngạch xuất nhập khẩu, tăng thu cho ngân sách.
Năm 2018: Tổng số doanh nghiệp tham gia thủ tục hải quan qua Cục là 294 doanh nghiệp, tăng 35 doanh nghiệp so với cùng kỳ năm 2017 (259 doanh nghiệp); Tổng số tờ khai đã đăng ký làm thủ tục là 21.150 tờ khai (TK), tăng 19,5% so cùng kỳ năm 2017 (17.692 TK); Kim ngạch XNK đạt 1.346 triệu USD, tăng 26,7% so với cùng kỳ năm 2017 (1.062 triệu USD); Tổng số phương tiện xuất nhập cảnh trong năm 2018 là 9.683 lượt, giảm 3,2% so với năm 2017 (10.002 lượt). 5 tháng đầu năm 2019, kim ngạch xuất nhập khẩu đạt 520 triệu USD. Thu ngân sách từ hoạt động xuất nhập khẩu đạt 630 tỷ đồng, hoàn thành 37,6% chỉ tiêu được giao (1.700 tỷ đồng). 
Quá trình phát triển Cục Hải quan Nghệ An  lập được nhiều thành tích xuất sắc, được Đảng, Nhà nước tặng thưởng: 1 Huân chương lao động hạng Nhất, 1 Huân chương lao động hạng Nhì, 2 Huân chương lao động hạng Ba, 1 Huân chương chiến công và nhiều phần thưởng cao quý khác.
Thời gian tới, Hải quan Nghệ An tiếp tục sắp xếp lại tổ chức bộ máy, làm tốt công tác chính trị tư tưởng, tạo sự đồng thuận, đoàn kết trong nội bộ, phát huy dân chủ trong hoạt động của đơn vị. Bố trí, sắp xếp cán bộ công chức theo năng lực, trình độ đào tạo, phù hợp với vị trí việc làm. Tiếp tục đào tạo nghiệp vụ chuyên sâu và các kiến thức về quản lý Nhà nước, Ngoại ngữ, Tin học cho đội ngũ cán bộ, công chức, đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ mới. Quá trình đó, thực hiện tốt quy chế dân chủ cơ sở, phát huy vai trò của tổ chức Đảng, đoàn thể trong thực hiện các phong trào thi đua, phấn đấu hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao.