Vòng loại giải bóng đá U17 Quốc gia 2020 có 29 đội bóng tham gia được chia làm 5 bảng. Đội U17 SLNA nằm ở bảng B gồm các đội SHB Đà Nẵng, Thanh Hóa, Quảng Nam và chủ nhà Thừa Thiên Huế.
Các đội sẽ thi đấu vòng tròn 2 lượt tính đểm xếp hạng tại mỗi bảng. Chọn 5 đội xếp thứ nhất ở 5 bảng và 2 đội thứ nhì thành tích tốt nhất ở 5 bảng vào vòng chung kết. Thời gian thi đấu từ ngày 10/7 đến ngày 02/8/2020 trên sân vận động Tự Do - Huế.
Trong ngày ra quân (10/7), HLV trưởng Kỳ Phương và U17 SLNA dễ dàng giành chiến thắng 2-0 trước U17 Thừa Thiên - Huế bằng các bàn thắng của Nguyễn Công Huy và Phan Xuân Đại.
Lượt trận thứ hai gặp U17 Quảng Nam vào chiều 15/7, U17 SLNA tiếp tục có được chiến thắng 3-0. Các bàn thắng của U17 SLNA được ghi do công của Phan Văn Đại trong hiệp 1, Trần Ngọc Dũng và Đinh Xuân Tiến trong hiệp 2.
Với kết quả này, U17 SLNA tạm xếp thứ 2. Ở trận đấu tiếp theo, U17 SLNA sẽ là đối thủ nặng ký của U17 Thanh Hóa vào ngày 17/7. Đội bóng xứ Thanh hiện đang xếp đầu bảng với 9 điểm nhưng thi đấu nhiều hơn 1 trận.