Theo bốc thăm chia bảng, đội U21 Sông Lam Nghệ An sẽ nằm ở Bảng A do Trung tâm thể thao Viettel đăng cai tổ chức, gồm 7 đội: Viettel, Công An Nhân Dân, Hà Nội, Nam Định, Phù Đổng FC, Sông Lam Nghệ An, Than Quảng Ninh.
Bảng B do CLB Hoàng Anh Gia Lai đăng cai tổ chức, gồm 7 đội: Hoàng Anh Gia Lai, B. Bình Dương, Bình Phước, Đăk Lăk, Hồng Lĩnh Hà Tĩnh, Khánh Hòa, SHB Đà Nẵng.
Bảng C do Trung tâm Thể thao Thành Long đăng cai tổ chức, gồm 8 đội: An Giang, Bến Tre, Đồng Nai, Đồng Tháp, Long An, TP Hồ Chí Minh, Phố Hiến, Vĩnh Long.
Vòng loại giải U21 năm 2019 sẽ chia thành 2 giai đoạn. Giai đoạn 1 thi đấu từ 19 - 23/6 (hoặc 26/6) với 3 lượt trận và giai đoạn 2 từ 30/8 đến 8/9 gồm 4 lượt trận.
Các đội thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng. Chọn 3 đội xếp thứ Nhất, 3 đội xếp thứ Nhì và 1 đội xếp thứ Ba có điểm và các chỉ số cao hơn trong ba bảng vào thi đấu vòng chung kết.
Vòng chung kết Giải U21 QG dự kiến sẽ diễn ra từ 10 - 20/10/2019 tại SVĐ Pleiku - thành phố Pleiku. SLNA vẫn đang là đội bóng nắm giữ kỷ lục về số lần vô địch tại giải đấu này với 5 lần vào các năm 2000; 2001; 2002; 2012; 2014.
Dẫn dắt đội U21 SLNA năm nay là HLV Nguyễn Đình Dũng. Năm 2018, U21 SLNA giành vé vào vòng chung kết nhưng không vượt qua vòng bảng./.