Theo quyết định kháng nghị VKSND Hà Nội ra ngày 25/5, tại phiên sơ thẩm, TAND Hà Nội đã thiếu sót khi không triệu tập đại diện Công ty Nhật Cường tham gia với tư cách là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
VKS cho rằng, quá trình điều tra và kết quả xét hỏi tại phiên tòa cùng xác định 221 tỷ đồng thu lời bất chính từ hành vi buôn lậu đã được nhập quỹ của Công ty Nhật Cường. Số tiền này được theo dõi, quản lý trên phần mềm nội bộ EPR của công ty. Các bị cáo từ phó tổng giám đốc đến nhân viên Công ty Nhật Cường đều là người làm công ăn lương, giữ vai trò giúp sức cho Tổng giám đốc Bùi Quang Huy. Họ không được chia khoản tiền thu lợi bất chính này.
Hiện không có quy định về các bị cáo liên đới nộp lại khoản tiền thu lợi bất chính, mà thực hiện theo nguyên tắc người nào thu lợi bất chính hoặc thụ hưởng tiền thu lợi bất chính thì phải nộp lại để tịch thu sung quỹ Nhà nước. "Việc TAND Hà Nội áp dụng điều 47 Bộ luật Hình sự tuyên buộc các bị cáo liên đới nộp lại khoản tiền 221 tỷ đồng là chưa phù hợp, ảnh hưởng đến quyền và lợi ích hợp pháp của các bị cáo", kháng nghị nêu.
Từ đó, VKS đề nghị tòa phúc thẩm xét xử vụ án theo hướng đưa Công ty Nhật Cường tham gia tố tụng với tư cách là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan. Nhật Cường phải nộp lại 221 tỷ đồng thu lợi bất chính từ hành vi buôn lậu để tịch thu sung quỹ Nhà nước, mà không buộc 13 bị cáo phạm tội Buôn lậu phải liên đới nộp lại khoản này.
Các hoạt động mua bán hàng hóa từ nước ngoài của Nhật Cường không có hóa đơn nên bị coi là buôn lậu. Huy còn chỉ đạo nhập nhiều số liệu trên phần mềm để theo dõi nội bộ mà không đưa vào báo cáo thuế, gây thiệt hại cho Nhà nước gần 30 tỷ đồng.
Giám đốc tài chính Nguyễn Bảo Ngọc là người duy nhất bị phạt 14 năm tù về 2 tội Buôn lậuvà Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng.Nguyễn Thị Bích Hằng (Kế toán trưởng) bị phạt 3 năm 6 tháng tù về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng.Về dân sự, tòa buộc hai bị cáo Ngọc và Hằng nộp xung công quỹ Nhà nước gần 30 tỷ đồng gây thiệt hại, trong đó Ngọc 16 tỷ, Hằng hơn 13 tỷ.
Ở nhóm tội Buôn lậu, tòa phạt Trần Ngọc Ánh, Phó Tổng Giám đốc Nhật Cường, bị phạt 13 năm tù. 11 người còn lại từ 4 đến 9 năm tù.
Về phần dân sự, bản án nhận định Tổng Giám đốc Bùi Quang Huy đã hợp thức hóa và thu lời bất chính hơn 221 tỷ đồng. Tuy nhiên, Huy đang bỏ trốn nên tòa tuyên buộc 13 bị cáo phạm tội Buôn lậuphải liên đới nộp lại khoản tiền thu lời bất chính này.
Cụ thể, Trần Ngọc Ánh nộp 69 tỷ đồng, Nguyễn Bảo Ngọc 40 tỷ, Nông Văn Lư 10 tỷ và những bị cáo còn lại từ hơn 1 tỷ đồng đến 10 tỷ đồng.
Liên quan vụ án, Cựu Chủ tịch Hà Nội Nguyễn Đức Chung và vợ là người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan nên nhờ một điều tra viên Bộ Công an nắm thông tin về hướng điều tra. Ông Chung sau đó nhận 6 tài liệu mật về vụ án nên tháng 12/2020 bị phạt 5 năm tù về tội Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước.
Đánh giá các sai phạm là "nghiêm trọng, phức tạp", tháng 11/2019, Thường trực Ban chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng đã đưa vụ án Nhật Cường vào diện theo dõi, chỉ đạo.