Việc kiểm tra vùng lòng hồ Thủy điện Bản Vẽ được UBND huyện Tương Dương và Công ty Thủy điện Bản Vẽ thực hiện trong ngày 16/1/2020. Qua kiểm tra xác định vùng lòng hồ có khá nhiều rác trôi nổi. Thành phần chủ yếu là thân cây gỗ tạp, tre, nứa và rác thải sinh hoạt.
Rác tập trung nhiều ở 2 vị trí, gồm: Ở vị trí đuôi hồ (các đập Thủy điện Bản Vẽ khoảng 60 - 79 km) tùy theo mực nước lên xuống của lòng hồ thủy điện, thời điểm kiểm tra có rác thải kéo dài khoảng 1 km, phủ kín dày đặc cả vùng lòng hồ. Tại khu vực lòng hồ (thuộc địa bàn xã Hữu Khuông đến xã Mai Sơn) từ mực nước hồ hiện tại đến cao trình 200 có nhiều rác, chủ yếu là cây gỗ tạp, tre, nứa đang bám trên bờ.
Về nguyên nhân gây ra rác, tại Báo cáo số 16/UBND ngày 22/1/2020 về kiểm tra hiện trạng rác trong lòng hồ Thủy điện Bản Vẽ, UBND huyện Tương Dương nhận định “lượng rác này phần lớn là do trận lũ lớn xảy ra hồi tháng 8/2019 cuốn từ thượng nguồn về”.
UBND huyện Tương Dương đánh giá việc rác phủ kín dày đặc suốt bề rộng vùng lòng hồ, kéo dài hơn 1 km đã làm ách tắc giao thông đường thủy và đường cứu hộ, cứu nạn trên địa bàn. Rác tập kết lâu ngày trong lòng hồ thủy điện, bị phân hủy gây mùi hôi cho những bản làng ven lòng hồ thủy điện. Việc này đã gây những dư luận không tốt của người dân với công trình thủy điện.
Bởi từ ngày 26/12/2019 đến ngày 10/1/2020, UBND huyện Tương Dương phát hiện có sự thay đổi màu nước và có mùi hôi phía hạ du Thủy điện Bản Vẽ khi nhà máy xả nước phát điện, tại Báo cáo số 16/UB-UBND, UBND huyện Tương Dương kiến nghị UBND tỉnh chỉ đạo các sở, ngành liên quan và Tập đoàn Điện lực sớm có phương án xử lý mang tính lâu dài.
Về mùi hôi phía hạ duThủy điện Bản Vẽ, PV Báo Nghệ An đã được chứng thực trong ngày 8/1/2020 khi cùng các bộ Phòng TN&MT huyện Tương Dương thực tế ở chân đập Thủy điện Bản Vẽ. Trong ngày hôm đó, nước ở khu vực này có màu xanh, trong, nhưng có mùi hôi khó chịu. Sự việc này sau đó được Báo Nghệ An điện tử thông tin tại bài viết "Nước vùng hạ du Thủy điện Bản Vẽ có "mùi lạ".