Trung tâm hoạt động theo mô hình doanh nghiệp, có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, có tài khoản riêng tại các ngân hàng và hoạt động theo phương thức hạch toán độc lập.
Từ năm 2012 đến tháng 3/2021, Trung tâm MEC đã phát sinh doanh thu nhận tổng số tiền hơn 19,7 tỷ đồng. Mỗi lần Trung tâm MEC nhận được tiền tài trợ của các tổ chức, theo cáo buộc, bị can Mai Phan Lợi đều chỉ đạo Giám đốc là Bạch Hùng Dương ký các chứng từ rút tiền và chỉ đạo nhân viên Trung tâm MEC không lập hóa đơn, chứng từ theo quy định nhằm trốn thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế GTGT.
Ông Mai Phan Lợi cùng đồng phạm bị cáo buộc trốn thuế hơn 1,97 tỷ đồng. Trong vụ án này, bị can Mai Phan Lợi thực hiện hành vi phạm tội với vai trò là người chủ mưu, cầm đầu, trực tiếp chỉ đạo các nhân viên dưới quyền không thực hiện kê khai nộp thuế; trực tiếp chiếm hưởng toàn bộ số tiền trốn thuế. Hành vi của Mai Phan Lợi đã cấu thành tội Trốn thuế theo quy định tại Điều 200, khoản 3 - Bộ luật Hình sự năm 2015.