Trong quá trình điều tra vụ án xảy ra tại Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) và Tổng công ty CP Xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC), Cơ quan điều tra Bộ Công an đã kê biên biệt thự số AD02-16 (khu đô thị sinh thái Vinhomes Riverside); căn hộ số 15F05, The Costa 32-34 (Trần Phú, TP Nha Trang, Khánh Hòa); xe ô tô Mazda CX5 màu trắng (biển kiểm soát 30A-970.97).
Theo yêu cầu của Cơ quan điều tra, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước đã ký văn bản đề nghị các tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài kiểm tra, rà soát, phong tỏa tài khoản, sổ tiết kiệm của vợ chồng Trịnh Xuân Thanh cùng 2 con trai (Trịnh Hùng Cường, Trịnh Hùng Phương).
Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam đã rà soát, phong tỏa chứng khoán do Trịnh Xuân Thanh và vợ là bà Trần Dương Nga, không cho chuyển nhượng khi chưa có yêu cầu của cơ quan điều tra.
Quá trình điều tra, bị can Lương Văn Hòa (nguyên Giám đốc Ban điều hành dự án Vũng Áng - Quảng Trạch thuộc PVC) đã khắc phục hậu quả hơn 2,4 tỷ đồng; Vũ Đức Thuận (nguyên Tổng giám đốc PVC) khắc phục 800 triệu đồng; Bùi Mạnh Hiển (nguyên Chánh Văn phòng PVC) khắc phục 300 triệu đồng.
Ngoài ra, vợ chồng bị can Nguyễn Thành Quỳnh (nguyên Giám đốc kỹ thuật công nghệ Tổng công ty cổ phần miền Trung - công ty cổ phần Đà Nẵng) và Lê Thị Anh Hoa (nguyên là Giám đốc công ty TNHH MTV Quỳnh Hoa) đã khắc phục hơn 977 triệu đồng và đã sử dụng hơn 1,1 tỷ đồng nộp thuế cho Nhà nước. Bị can Nguyễn Anh Minh (nguyên Phó Tổng giám đốc PVC) đã khắc phục hơn 2,2 tỷ đồng.
Toàn bộ số tiền nêu trên hiện đang được tạm giữ tại tài khoản tạm giữ của Cơ quan An ninh điều tra (A92) Bộ Công an.