Không nằm trong kế hoạch của HLV Nguyễn Đức Thắng ở mùa giải 2019, cầu thủ sinh năm 1995 đã được ban lãnh đạo đội bóng xứ Nghệ cho Hải Phòng mượn trong vòng 1 năm. Mục đích của SLNA được cho là giúp Nguyễn Phú Nguyên tích lũy thêm kinh nghiệm để trở lại phục vụ đội nhà trong những mùa giải tới.
Nguyễn Phú Nguyên cùng lứa với Hồ Tuấn Tài, Hoàng Văn Khánh, Phan Văn Đức và Phạm Xuân Mạnh - những cầu thủ nòng cốt của U17 SLNA giành ngôi vô địch tại VCK U17 QG năm 2012. Vị trí sở trường của Nguyễn Phú Nguyên là tiền vệ cánh phải.
Được lên đội 1 SLNA từ cuối năm 2015, nhưng cầu thủ 24 tuổi lại hiếm khi có mặt trong đội hình thi đấu của đội bóng xứ Nghệ tại đấu trường V.League. Nguyên nhân chính là do anh thường xuyên phải vật lộn với những chấn thương. Mùa giải trước, Nguyễn Phú Nguyên chỉ ra sân vỏn vẹn 2 lần ở V.League 2018.
Đầu quân cho Hải Phòng, cơ hội được thi đấu của tiền vệ sinh năm 1995 là khá lớn. Ở sân Lạch Tray hiện tại có rất nhiều cầu thủ xuất thân từ lò đào tạo của SLNA. Điển hình như Nguyễn Đình Bảo, Vương Quốc Trung, Nguyễn Văn Đức, Đậu Thanh Phong…