Tuy nhiên, đại biểu Trần Văn Mão bày tỏ băn khoăn về tính khả thi hoặc sẽ làm phát sinh nhiều bất ổn trong công tác quản lý phạm nhân thi hành án phạt tù. Việc phạm nhân chấp hành hình phạt tù là bảo đảm mục đích của trừng trị (giáo dục người phạm tội) được thực thi trên thực tế. Đối với phạm nhân, việc giáo dục phạm nhân được thông qua nhiều hình thức trong đó có tổ chức cho phạm nhân lao động. Như vậy, lao động của phạm nhân là một biện pháp giáo dục chứ không phải nhằm tạo ra vật chất để phục vụ đời sống của phạm nhân.
Thứ hai, đối với công tác bảo đảm an ninh, giữ gìn trật tự: Một khó khăn và cũng là một tồn tại lớn kéo dài trong công tác thi hành án phạt tù tại các cơ sở giam giữ hiện nay là tình trạng phạm nhân vi phạm kỷ luật trại giam, mang vật cấm vào trại giam, đánh nhau và trốn khỏi nơi giam giữ.
Báo cáo công tác thi hành án hàng năm của Chính phủ trước Quốc hội cho thấy, hàng năm Nhà nước đều bố trí kinh phí để trang bị phương tiện kỹ thuật phục vụ việc quản lý giam giữ phạm nhân nhưng tình trạng phạm nhân mang vật cấm vào trại giam qua các năm tuy có giảm nhưng vẫn diễn ra phức tạp. Như vậy, khi tổ chức cho phạm nhân lao động ở ngoài khu vực trại giam, vấn đề bảo đảm an ninh trật tự, phòng ngừa phạm nhân mang vật cấm (thậm chí cả ma túy, điện thoại di động,...) phức tạp. Nếu như Nhà nước bố trí kinh phí để trang bị máy móc phục vụ cho việc kiểm soát an ninh tại các cơ sở sản xuất liên kết với trại giam cho phạm nhân lao động thì rất khó khả thi vì làm tăng chi phí đầu tư so với hiệu quả thu được.
Về thi hành án tử hình, đại biểu đề nghị bổ sung về thời gian người bị kết án tử hình chờ thi hành án. Bởi vì, thực tế hiện nay rất nhiều nạn nhân án tử hình bị tạm giam quá lâu do phải chờ quyết định của Chủ tịch nước chấp nhận hay không chấp nhận đơn xin ân xá. Theo báo cáo giải trình của Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, vướng mắc trong công tác thi hành án tử hình hiện nay là do tổ chức thực hiện là chưa chính xác, thỏa đáng. Vì thời gian xem xét, quyết định phúc thẩm, tái thẩm, giám đốc thẩm, kháng cáo, kháng nghị đã được bỏ Luật Thi hành án hình sự quy định tại Điều 367 nhưng thực hiện quá lâu, kéo dài là do hiện nay chưa có điều luật nào quy định thời hạn xem xét đơn xin ân giảm của Chủ tịch nước.