Theo cáo trạng của VKSND Tối cao ban hành (truy tố Thứ trưởng Trương Quốc Cường và 13 bị can), ông Trương Quốc Cường trước khi bị khởi tố đã nhận được nhiều cảnh báo liên quan vụ thuốc giả. Tuy nhiên, ông Cường đã không có những động thái quyết liệt để ngăn chặn và thu hồi thuốc theo đúng quy định của pháp luật.
Cụ thể, sau khi xảy ra vụ án VN Pharma giai đoạn I (năm 2014), Cục Quản lý Dược đã ban hành Văn bản số 14097 và 14654, gửi bằng đường văn thư và qua thư điện tử, đề nghị Đại sứ quán Canada tại Việt Nam xác minh thông tin về 4 công ty Dược của Canada đang hoạt động về thuốc tại Việt Nam, trong đó có Công ty Health 2000 Canada. Trong văn bản có nêu các thông tin như: Địa chỉ email, số điện thoại, địa chỉ trụ sở, số fax của Cục Quản lý Dược để tiếp nhận kết quả xác minh.
Sau đó, Cục Quản lý Dược đã nhận 2 email phản hồi. Trong đó, email ngày 2/10/2014 của Cơ quan Điều tra Canada có nội dung: "Bộ Y tế Canada xin thông báo với quý cơ quan rằng cả hai công ty Helix Pharmaceuticals và Health 2000 đều không sở hữu giấy phép sản xuất thuốc hợp lệ, cũng như không có bất cứ sản phẩm nào có Mã định danh sản phẩm thuốc hợp lệ. Do đó, các công ty này không có bất cứ sản phẩm nào được cấp phép lưu hành tại Canada".
Sau khi tiếp nhận thông tin từ Cơ quan Điều tra Canada, cấp dưới có phiếu trình số 86/PCD, báo cáo ông Trương Quốc Cường về tình hình trao đổi thông tin giữa hai bên. Ông Cường có bút phê vào phiếu trình, với nội dung: "Tôi đã đề nghị cần có công văn chính thức (có dấu, chữ ký). Đề nghị lưu hồ sơ báo cáo cơ quan chức năng khi có yêu cầu".
Sau khi nhận thông tin từ Cơ quan Điều tra Canada, ông Cường tiếp tục nhận được công văn từ một đơn vị của Bộ Công an, nhắc đến việc lực lượng chức năng đang điều tra những dấu hiệu sai phạm của vụ án thuốc giả do công ty Health 2000 Canada sản xuất. Với những cảnh báo như vậy, ông Cường đã có công văn gửi Tổng Cục Hải quan đề nghị tạm dừng nhập khẩu thuốc do Health 2000 Canada sản xuất hoặc cung cấp vào Việt Nam. Tuy nhiên, ông Trương Quốc Cường đã không đình chỉ lưu hành thuốc.
"Bị can Trương Quốc Cường thừa nhận đã không thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ của người đứng đầu Cục Quản lý Dược, để cấp dưới có nhiều hành vi sai phạm trong việc tổ chức thẩm định hồ sơ, kết luận biên bản đề nghị cấp số đăng ký thuốc; cùng với các thành viên Hội đồng xét duyệt cấp số đăng ký cho 7 loại thuốc Health 2000 Canada trong khi hồ sơ không đủ điều kiện cấp. Đối với việc không đình chỉ lưu hành thuốc khi có thông tin nghi ngờ là không rõ nguồn gốc xuất xứ, tại thời điểm năm 2014, bị can nhận thức là chưa có đủ điều kiện để quyết định đình chỉ lưu hành. Tuy nhiên, đến nay bị can nhận thấy việc không đình chỉ lưu hành thuốc không rõ nguồn gốc xuất xứ là chưa thực hiện đúng chức năng, nhiệm vụ được giao và ăn năn về hậu quả xảy ra" - cáo trạng nêu.
Trong giai đoạn truy tố, Thứ trưởng Bộ Y tế Trương Quốc Cường có thái độ ăn năn hối lỗi về trách nhiệm của mình trong vụ án thuốc giả. Ông Cường cũng là người đầu tiên nộp tiền khắc phục hậu quả (1,8 tỷ đồng) trong số 14 bị can bị truy tố ở vụ án này.