Ngày 3-12-2017, Cơ quan Điều tra hình sự - Bộ Quốc phòng đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với Đinh Ngọc Hệ (Út "trọc", nguyên phó tổng giám đốc Tổng công ty Thái Sơn, Bộ Quốc phòng, về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" theo khoản 3, Điều 281 Bộ luật hình sự năm 1999.
Quá trình điều tra vụ án, cơ quan điều tra còn phát hiện Đinh Ngọc Hệ có hành vi mua bằng đại học giả, sử dụng bằng đại học giả để khai trong hồ sơ đảng viên, hồ sơ cán bộ.
Hành vi của Đinh Ngọc Hệ có đủ yếu tố cấu thành tội "Sử dụng tài liệu giả của cơ quan, tổ chức" quy định tại Điều 341 Bộ luật hình sự năm 2015.
Mở rộng điều tra vụ án, Cơ quan điều tra đã khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với ông Trần Xuân Sơn, trú tại khu phố 6, thị trấn Diêm Điền, huyện Thái Thụy (tỉnh Thái Bình) là người được Đinh Ngọc Hệ thuê làm giám đốc chi nhánh Công ty cổ phần phát triển đầu tư Thái Sơn Bộ Q.P tại Bình Dương;
Ông Trần Văn Lâm, trú tại 18/B 518 chung cư Huỳnh Văn Chính, phường Phú Trung, quận Tân Phú (TP.HCM), là người được Đinh Ngọc Hệ thuê làm tổng giám đốc điều hành Công ty cổ phần phát triển đầu tư Thái Sơn Bộ Q.P
Khởi tố bị can và ra lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú đối với Đại tá Bùi Văn Tiệp, nguyên Sư đoàn trưởng Sư đoàn 367, Quân chủng Phòng không - không quân.
Cả 3 bị can trên đều bị khởi tố về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" với vai trò đồng phạm giúp sức cho bị can Đinh Ngọc Hệ.
Đồng thời, cơ quan chức năng đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với đại tá Phùng Danh Thắm, tổng giám đốc Tổng công ty Thái Sơn Bộ Quốc phòng, về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" quy định tại Điều 360 Bộ luật hình sự năm 2015.