Báo cáo lên Thủ tướng về vụ việc, Bộ Tài chính cho biết, từ năm 2015 vụ việc 213 container của 56 doanh nghiệp vận chuyển qua cảng Cát Lái - TP.HCM (nơi đi) để trung chuyển qua đường bộ sang Campuchia (nơi đến) đã bị Tổng cục Hải quan phát hiện sai phạm khi số container này được chuyển khỏi cảng Cát Lái mà không được đưa đến nơi xuất theo quy định.
Về kết quả kiểm điểm, xử lý trách nhiệm của các cá nhân liên quan trong vụ việc 213 container hàng quá cảnh nhưng không xuất cảnh, Bộ Tài chính cho hay: Ngay sau khi phát hiện vụ việc, Cục Hải quan TP.HCM đã thực hiện kiểm điểm, xử lý điều chuyển vị trí công tác 29 công chức có liên quan, sau đó có xử lý thêm như:
Kỷ luật các công chức bằng hình thức khiển trách đối với 2 công chức liên quan đến việc hủy BOA (hệ thống xác nhận hàng hóa quá cảnh đã làm thủ tục hải quan ở cửa khẩu nơi đi) trên hệ thống; 11 công chức và 1 lãnh đạo Đội giám sát có liên quan đến việc hàng đã ra khỏi cảng nhưng không lưu hồ sơ bị kỷ luật hạ 2 mức phân loại (xuống mức hoàn thành nhiệm vụ nhưng còn hạn chế về năng lực).
Ba lãnh đạo Chi cục và 3 đội trưởng của hải quan theo các thời kỳ có liên quan đến vụ việc bị hạ một mức phân loại (xuống mức hoàn thành tốt nhiệm vụ).
Theo báo cáo gửi Thủ tướng, Bộ Tài chính thừa nhận: "Kết quả xử lý của Cục Hải quan TP.HCM chưa được. Mức xử lý chưa nghiêm khắc, chưa đảm bảo tính răn đe, phòng ngừa sai phạm; chưa tương xứng với hậu quả xảy ra".
Chính vì thế, cuối tháng 1/2018, theo chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan đã gửi công văn yêu cầu Hải quan TP.HCM kiểm điểm, xử lý kỷ luật lại.
Bộ Tài chính cam kết với Thủ tướng sẽ tổng hợp báo cáo kết quả xử lý các cá nhân có liên quan đến vụ việc trong quý I/2018.