Các bị can gồm: Phạm Văn Phả (SN 1959, Chủ tịch HĐQT), Đỗ Công Hào (SN 1973, Giám đốc công ty) và Phạm Văn Chinh (SN 1982, Phó Giám đốc công ty. Cả 3 bị can cùng trú tại phường Hồng Hà, TP Hạ Long).
Cơ quan An ninh điều tra xác định, từ năm 2017 đến 2021, Công ty CP Đường sông số 3 được cấp phép, đã tham gia ký hợp đồng quản lý, bảo trì, điều tiết giao thông tuyến đường thủy nội địa trên địa bàn tỉnh Quảng Ninh.
Khi thực hiện các hợp đồng nêu trên, bị can Phạm Văn Phả chỉ đạo các bị can Đỗ Công Hào và Phạm Văn Chinh lập khống chứng từ, sổ nhật ký phương tiện, nhật ký tuyến, hợp đồng thuê phương tiện, nhân công thực hiện công tác quản lý, bảo trì, điều tiết để nghiệm thu, quyết toán vượt quá khối lượng thực tế nhằm chiếm đoạt tiền của Nhà nước.
Trước đó ngày 18/4, do vi phạm Luật Đấu thầu, công ty này bị Cục Đường thủy nội địa Việt Nam thuộc Bộ GTVT ra quyết định cấm đấu thầu 3 năm đối với tất cả các dự án đầu tư xây dựng, công tác quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa và các công tác khác do Cục Đường thủy nội địa làm chủ đầu tư.