Tại các cảng cá, Ban quản lý Cảng cá Nghệ An chú trọng việc giữ gìn vệ sinh an toàn thực phẩm, Ban thường xuyên tuyên truyền, nhắc nhở, kiểm tra công tác giữ gìn an toàn vệ sinh thực phẩm đối với ngư dân, hộ kinh doanh, chủ phương tiện vận chuyển hải sản hoạt động trong cảng cá.
Tổ chức các lớp vệ sinh an toàn thực phẩm, bảo vệ môi trường tại cảng cá cho ngư dân, các tổ chức, cá nhân hoạt động liên quan đến cảng cá ở Diễn Châu, TX Hoàng Mai, Quỳnh Lưu, TX Cửa Lò.
Hiện nay, tại cảng cá tập trung thực hiện công tác kiểm tra, kiểm soát tàu cá ra vào cảng, giám sát sản lượng thủy sản khai thác, thu giữ nhật ký, báo cáo khai thác thủy sản. Đồng thời, thực hiện nghiêm túc, đúng quy định công tác kiểm tra, kiểm soát tàu cá, nhật ký thu mua chuyển tải, báo cáo khai thác của tàu cá, thống kê, báo cáo và lưu trữ hồ sơ theo quy định.Nhờ đổi mới quản lý, tiếp tục đầu tư nâng cấp cơ sở hạ tầng, trang thiết bị, bảo vệ môi trường, 6 tháng đầu năm 2020, đã có 4.251 lượt tàu cá cập cảng, lượng hàng hóa thủy sản qua cảng là 62.976 tấn, lượng hàng hóa khác qua cảng. 2.850 tấn và đã cung ứng điện 667.013 KW, nước ngọt 5.674 m3 Ban quản lý Cảng cá Nghệ An đã hoạt động rất hiệu quả và nguồn thu dịch vụ sử dụng cảng cá đạt 997 triệu đồng (bằng 99% so với kế hoạch năm và đạt 101% so với cùng kỳ năm 2019). Trong đó, tại cảng cá Cửa Hội đạt số thu gần 265,7 triệu đồng, cảng cá Lạch Vạn hơn 342,3 triệu đồng, cảng cá Lạch Quèn gần 281 triệu đồng, cảng cá Quỳnh Phương hơn 108,3 triệu đồng và các dịch vụ khác.
Ban quản lý Cảng cá Nghệ Anthực hiện chức năng, nhiệm vụ: Tổ chức các loại hình dịch vụ nhằm hỗ trợ cho các loại nghề khai thác hải sản, chú trọng hỗ trợ nghề khai thác hải sản xa bờ để ngư dân sản xuất, kinh doanh có hiệu và an toàn, tham gia bảo vệ chủ quyền biển đảo, nguồn lợi thủy sản, giữ gìn vệ sinh an toàn thực phẩm hải sản cho cộng đồng.
Cùng với đó, Ban thực hiện 12 nhiệm vụ và quyền hạn là: Xây dựng kế hoạch và tổ chức thực hiện việc duy trì điều kiện an toàn công trình cảng cá, đảm bảo phù hợp với nội dung công bố mở cảng cá; Bảo đảm an ninh trật tự, bảo vệ môi trường, vệ sinh an toàn thực phẩm và phòng, chống cháy nổ trong khu vực cảng cá, xác nhận nguồn gốc, xuất xứ hải sản khai thác cho các tổ chức, cá nhân có yêu cầu; phối hợp với cơ quan Bảo đảm hàng hải thông báo tình hình luồng lạch, phao tiêu báo hiệu, tình hình an toàn cầu, bến cho các tàu cá ra, vào cảng cá; phối hợp với thanh tra chuyên ngành trong quản lý cảng và phối hợp với cơ quan của Nhà nước khi có yêu cầu…