Từ cuối năm 1998 đến đầu năm 1999, vào dịp kỷ niệm 30 năm thực hiện Di chúc của Chủ tịch Hồ Chí Minh, một số đồng bào và cán bộ vốn có tâm huyết xây dựng Đền thờ Bác Hồ đã phát hiện, trên ngọn cao nhất của dãy núi Ba Vì (mà truyền thuyết dân gian vẫn gọi là Đỉnh Vua), có một khoảng đất bằng phẳng, dường như cả nghìn năm nay vẫn chờ đợi để được mang một sứ mệnh thiêng liêng.
Sau đó, họ cùng nhau góp công sức tự tổ chức thiết kế và xây dựng, chỉ trong khoảng 6 tháng đã căn bản hoàn thành công trình. Việc xây dựng đền thờ đã được sự phê chuẩn của đồng chí Đào Duy Tùng, Ủy viên Bộ Chính trị, Thường trực Ban Bí thư lúc bấy giờ và cũng phù hợp với ý tưởng trong Di chúc của Bác... "Về việc riêng - Sau khi tôi đã qua đời, chớ nên tổ chức đám đình, lãng phí ngày giờ và tiền bạc của nhân dân. Tôi yêu cầu thi hài tôi được đốt đi.... Tro xương thì tìm một quả đồi mà chôn. Gần Tam Đảo và Ba Vì như hình có nhiều đồi tốt. Trên mộ, nên xây 1 cái nhà giản đơn, rộng rãi, chắc chắn, mát mẻ để những người đến thăm viếng có chỗ nghỉ ngơi".
Đền thờ Bác Hồ được thiết kế và xây dựng theo kết cấu bền vững, phong cách đậm đà bản sắc dân tộc, uy nghiêm mà ấm cúng, giản dị như ngôi nhà sàn nơi Người đã sống và làm việc nhiều năm ở Phủ Chủ tịch. Bức tượng đồng Bác đang ngồi đọc báo Nhân dân đặt trên bệ đá ở chính giữa nơi đặt bàn thờ trong đền. Trên cao là cờ Tổ quốc ghép bằng đá hoa cương màu đỏ, phía dưới về hai bên phải, trái là chuông đồng và khánh đồng. Tất cả tạo nên một tổng thể hài hòa nêu bật sự trường tồn, vĩnh cửu.
Sau một quãng đường đi bộ hơn 1.300 bậc đá, tất cả mệt mỏi như tan biến khi được nhìn thấy tượng Bác Hồ và một phần Di chúc bất hủ của Người được tạc trên tấm bia đá lớn, đúng nét chữ của Bác Hồ kính yêu. Một điều đầy ý nghĩa khác là ý thức bảo vệ rừng rất cao của những người xây dựng công trình.
Trong khi tìm lối, mở đường và làm đường để mang vác vật liệu dựng đền, từng cây rừng dù to hay nhỏ cũng được giữ nguyên, tuyệt đối không chặt phá, những người thợ xây đã cẩn thận xếp đá và trát xi măng, cát bao quanh những gốc cây rừng nho nhỏ.
Cũng như ở Khu Di tích Kim Liên - Nghệ An, hàng năm vào ngày 21 tháng 7 âm lịch, ngày giỗ của Bác Hồ kính yêu, cán bộ công nhân viên Vườn Quốc gia Ba Vì tổ chức trang trọng lễ giỗ Bác. Khách mời là các đồng chí lãnh đạo cao cấp của Đảng và Nhà nước, lãnh đạo các cấp bộ, ngành Trung ương và các cơ quan hữu quan.
Sau khi làm lễ dâng hương, mọi người trải chiếu ngồi quây quần bên các mâm cỗ. Ngước lên tượng Bác, dường như ai cũng nhìn thấy Người hiền từ nhìn khắp lượt cháu con, nhìn khắp nhân gian và hài lòng thấy nhân dân ta ngày càng ấm no, hạnh phúc, nước ta ngày càng đổi mới và phát triển vững mạnh.
Từ sau khi có ngôi đền, nhiều nhà nghiên cứu tìm hiểu sâu thêm trong các trang sử vàng, trong truyền thuyết dân gian và được biết: từ lâu đời cha ông ta đã gọi Ba Vì là Núi Tổ, là cội nguồn địa lý của kinh đô Đông Đô nước Đại Việt (Thăng Long - Hà Nội ngày nay).
Trong không khí hào hùng và không gian rộng mở, lên Ba Vì càng thấm đậm niềm yêu thương, tự hào về Tổ quốc. Lên Ba Vì như được thấy Chủ tịch Hồ Chí Minh - Anh hùng dân tộc, vị thánh, tiên ông đang ung dung ngồi đọc báo và suy ngẫm giữa mây ngàn, ở một trong những nơi hội tụ khí thiêng non nước Việt Nam ta.
Đền thờ Bác Hồ trên đỉnh núi Ba Vì sẽ mãi mãi là địa chỉ đỏ về du lịch tâm linh, là nơi bồi đắp thêm tinh thần yêu quê hương đất nước, ý thức bảo vệ rừng, bảo vệ thiên nhiên của mọi thế hệ người Việt Nam.