Mặc dù chưa từng khoác áo đội 1 SLNA, nhưng Nguyễn Phùng Quế vẫn là cái tên quen thuộc với người hâm mộ xứ Nghệ. Cầu thủ này cùng lứa với Quế Ngọc Hải, Phạm Mạnh Hùng, Nguyễn Sỹ Nam, Hồ Sỹ Sâm…ở lò SLNA trước đây và thường xuyên có mặt trong thành phần U17, U19, U21 SLNA tham dự các VCK.
Nổi lên từ VCK U17 QG 2009 được tổ chức tại Nam Định, Nguyễn Phùng Quế là một trong những gương mặt có nhiều đóng góp nhất trên hành trình đến ngôi vương của U17 SLNA. Được HLV Nguyễn Văn Tiến bố trí thi đấu ở vị trí tiền đạo mũi nhọn, cầu thủ quê Thanh Chương đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao.
Có 2 chi tiết mà người hâm mộ xứ Nghệ không thể quên được mỗi khi nhắc đến Nguyễn Phùng Quế. Đầu tiên là pha lập công duy nhất giúp U17 SLNA đánh bại U17 Nam Định tại trận bán kết, tiếp đến là tấm thẻ đỏ tại trận đấu cuối cùng với U17 Đồng Tháp (U17 SLNA giành chiến thắng 1 - 0).
Giai đoạn đó, Nguyễn Phùng Quế được đánh giá khá cao về mặt tài năng, bên cạnh những đồng đội cùng trang lứa như Phạm Mạnh Hùng, Quế Ngọc Hải… Bằng chứng là năm 2011, cầu thủ quê Thanh Chương được HLV Hoàng Văn Phúc triệu tập lên U19 Việt Nam tham dự giải BIDC Cup được tổ chức tại Campuchia.
Tiếc rằng, những chấn thương đã phá hỏng sự nghiệp cầu thủ của Nguyễn Phùng Quế. Giấc mơ được khoác áo đội 1 SLNA đã không trở thành hiện thực với tiền đạo huyện Thanh Chương.
Năm 2015, Nguyễn Phùng Quế chính thức chia tay SLNA để tìm kiếm cơ hội ở những đội bóng tại giải hạng Nhất và hạng Nhì. Mùa giải trước, cầu thủ sinh năm 1993 khoác áo Bà Rịa-Vũng Tàu.
Những ngày gần đây, Nguyễn Phùng Quế đang nỗ lực tập luyện nhằm chinh phục niềm tin của ban huấn luyện XSKT Cần Thơ. Hy vọng, tiền đạo quê Thanh Chương đã “qua cơn bĩ cực”./.