Theo cáo trạng, từ năm 2009 đến tháng 8/2018, các ông Thạnh, Sơn với vai trò là lãnh đạo UBND TP. Trà Vinh đã chỉ đạo cấp dưới và bộ phận chuyên môn là Phòng Tài nguyên & Môi trường, Văn phòng đăng ký đất đai, Chi cục Thuế thành phố thực hiện chính sách hỗ trợ người có công với cách mạng cải thiện nhà ở bằng hình thức chuyển mục đích sử dụng đất và miễn giảm tiền sử dụng đất trái với Quyết định 118 của Chính phủ, Thông tư 30 của Bộ Tài nguyên & Môi trường.
Theo Quyết định 118 của Chính phủ, Thông tư 30 của Bộ Tài nguyên & Môi trường, “việc xem xét hỗ trợ người có công với cách mạng cải thiện nhà ở phải dựa trên kiến nghị của UBND phường, xã, thị trấn nơi người đó cư trú. Những kiến nghị đó phải được UBND cấp huyện, thành phố xác minh lại trước khi trình lên cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định. Ngoài ra, hồ sơ xin chuyển mục đích sử dụng đất phải có biên bản xác minh thực địa và biên bản giao đất thực tế".
Ông Thạnh bị cáo buộc biết rõ các quy định trên nhưng vẫn ký ban hành hai công văn chỉ đạo Phòng Tài nguyên & Môi trường, Văn phòng đăng ký đất đai, Chi cục thuế thành phố bỏ qua nội dung kiến nghị của chính quyền cấp phường, xã, thị trấn và xác minh lại của cấp huyện.
Lợi dụng chỉ đạo này, nhiều "cò đất" “chủ đất” tìm đến các gia đình chính sách làm thủ tục hợp đồng chuyển nhượng hoặc tặng cho quyền sử dụng đất khống. Để cho gia đình chính sách đứng tên, hợp thức hóa hồ sơ chuyển mục đích sử dụng thành đất ở để được Nhà nước miễn, giảm tiền sử dụng đất từ 65% đến 100%.
Sau khi được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, “cò đất”, “chủ đất” yêu cầu các gia đình chính sách làm hợp đồng chuyển nhượng lại cho chủ cũ hoặc chuyển sang người khác đứng tên, để không phải đóng tiền chuyển mục đích sử dụng và miễn giảm tiền sử dụng đất không đúng đối tượng gây thiệt hại tài sản cho Nhà nước.
Cáo trạng cáo buộc, tháng 12/2009 đến tháng 7/2018, các ông Thạnh, Sơn đã ký quyết định cho phép chuyển mục đích sử dụng đất và miễn giảm tiền sử dụng đất tổng cộng 704 hồ sơ.
Trong đó, cựu Chủ tịch và Phó Chủ tịch UBND TP. Trà Vinh đã ký 313 hồ sơ miễn giảm sai, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước hơn 69 tỷ đồng.
Không báo cáo lên tỉnh
Cơ quan điều tra xác định, từ năm 2014 đến năm 2016, ông Thạnh chủ trì nhiều buổi họp giao ban với Phòng Tài nguyên & Môi trường. Các cán bộ ý kiến, phản ánh tình trạng nhiều người lợi dụng chính sách hỗ trợ người có công để làm hồ sơ hợp thức hóa cho chủ đất hưởng lợi.
Tuy nhiên, ông Thạnh không chỉ đạo chấn chỉnh, không báo cáo vụ việc lên UBND tỉnh mà chỉ đạo “tiếp tục thực hiện hồ sơ xin chuyển mục đích sử dụng đất và hồ sơ miễn giảm tiền sử dụng đất với gia đình chính sách…; Khi nào gia đình chính sách và chủ đất có phát sinh tranh chấp, khiếu nại thì giải quyết".
Vẫn theo cáo trạng, các “cò đất”, “chủ đất” đã cấu kết với các cán bộ, chuyên viên Phòng Tài nguyên & Môi trường là Lý Kiến Trung, Nguyễn Trọng Nghĩa làm thủ tục khống, hợp thức hóa hồ sơ chuyển mục đích sử dụng đất theo chế độ miễn giảm gây thất thoát cho Nhà nước.
Tháng 8/2019, ông Thạnh và Trường Sơn cùng nhiều cán bộ Phòng Tài nguyên & Môi trường bị bắt.
Trong vụ án này có tổng cộng 17 bị cáo gồm ông Thạnh; Trường Sơn; cùng các nguyên Trưởng, Phó và chuyên viên Phòng Tài nguyên và Môi trường TP. Trà Vinh là: Nguyễn Văn Chiến; Lê Hữu Lễ; Lý Kiến Trung; Trần Thanh Sơn; Nguyễn Trọng Nghĩa. Ngoài các bị can nói trên, còn các đối tượng khác là "cò đất", "chủ đất"... tất cả bị đưa ra xét xử về tội Vi phạm quy định về quản lý tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí.