Đồng Tháp - 2 bàn
Công Phượng mới chỉ có hai lần đối đầu Đồng Tháp ở V.League 2015 nhưng đã kịp ghi hai bàn vào lưới đội bóng này ở trận đấu trên sân Pleiku.
SLNA - 2 bàn
Kể từ khi lứa của Công Phượng lên thi đấu V.League, HAGL luôn gặp khó khăn mối khi đối đầu SLNA, số trận thua thường nhiều hơn số trận thắng. Tuy nhiên, cầu thủ sinh năm 1995 cũng đã kịp có cho mình hai bàn thắng vào lưới đội bóng xứ Nghệ ở vòng 17 V.League 2015 và vòng 20 V.League 2018.
Sanna Khánh Hòa - 3 bàn
Sanna Khánh Hòa có lẽ là đội bóng để lại nhiều ấn tượng với Công Phượng và các đồng đội cùng lứa ở HAGL. Ngay trận đầu tiên lên đá V.League, Công Phượng đã ghi hai bàn giúp HAGL thắng Sanna Khánh Hòa 4-2. Mùa 2017, anh ghi thêm một bàn nữa vào lưới đội bóng này nhưng trận đó, đội bóng phố Núi thua 2-4.
XSKT Cần Thơ - 3 bàn
Cần Thơ cũng là một trong những đội bóng "ưa thích" của Công Phượng. Anh đã ba lần ghi bàn vào lưới đội bóng này (1 ở V.League 2018 và 2 ở V.League 2017).
FLC Thanh Hóa - 3 bàn
Công Phượng rất có duyên ghi bàn trong những trận đối đầu với FLC Thanh Hóa. Mùa 2017, anh ghi bàn trong cả hai trận HAGL gặp Thanh Hóa. Mùa này, anh cũng đã lập công trong trận HAGL đánh bại đội bóng xứ Thanh ngay trên sân khách.
CLB TP.HCM - 3 bàn
Mùa 2017, HAGL không có cơ hội ghi bàn vào lưới TP.HCM và thất bại trong cả hai lượt trận. Tuy nhiên sang mùa 2018, chỉ một mình Công Phượng đã ba lần chọc thủng lưới đội bóng này (2 ở trận lượt về và 1 ở lượt đi).
CLB Hà Nội - 3 bàn
Hà Nội FC là đối thủ mà HAGL đối đầu nhiều nhất trong vòng vài mùa giải gần đây. Đội bóng thủ đô cũng chính là đội bóng duy nhất mà Công Phượng "chọc thủng lưới" trong tất cả các mùa giải cầu thủ này chơi ở V.League.