Theo Bộ GD-ĐT, thực tế có khoảng 1% thí sinh mắc lỗi như tô nhầm số báo danh; không tô mã đề, tô mã đề không có hoặc tô sai quy cách; phần trả lời bị tô quá mờ hay bị tẩy xóa quá mức, tô vào vùng câu hỏi không tồn tại...
Bên cạnh đó, có những lỗi do quét bài dẫn đến bài thi không chấm được, ảnh hưởng đến quyền lợi của thí sinh, dù có những lỗi do chính thí sinh gây ra.
Bộ GD-ĐT yêu cầu cán bộ chấm thi phải sửa hết các lỗi trên để có thể chấm bài thi tự động. Kết quả sửa phải được lưu lại cùng với biên bản sửa lỗi để báo cáo Bộ GD-ĐT.
Đồng thời, bộ cũng cho biết các bài thi vi phạm quy chế thi được xử lý theo quy định của quy chế thi: bài thi tổ hợp chỉ trừ điểm của môn thành phần mà thí sinh vi phạm kỷ luật (mức độ khiển trách trừ 25% điểm, mức độ cảnh cáo trừ 50% điểm), không trừ điểm môn thành phần mà thí sinh không vi phạm kỷ luật.